Jednym z priorytetów programu Innowacyjna Gospodarka jest wsparcie małych firm, które chcą dostarczać Internet na obszarach, na których prowadzenie takiej działalności jest nieopłacalne. Chodzi o dostarczanie Internetu na odcinku tzw. „ostatniej mili” czyli pomiędzy węzłem sieci szkieletowo-dystrybucyjnej, a użytkownikiem końcowym. W założeniach programu 2,5 tys. takich małych firm miało dostarczać szybki Internet dla 100 tys. podmiotów. Jednak według ustaleń kontrolerów tylko siedmiu przedsiębiorców rozpoczęło taką działalność, a korzysta z niej jedynie ok. 1600 podmiotów. Jedną z przyczyn tego stanu rzeczy są opóźnienia w budowie sieci regionalnych.

Według Najwyższej Izby Kontroli niski poziom zaawansowania poszczególnych projektów wskazuje, że zakładane cele w programach operacyjnych mogą nie zostać zrealizowane. A co za tym idzie trzeba będzie oddać unijne dotacje. Spiętrzenie prac w końcowym okresie projektów, może mieć fatalny wpływ na jakość ich wykonania. Sytuacji nie ułatwia późne rozpoczęcie projektu systemowego (realizowanego w ramach PO IG działanie 8.3)  polegającego na prowadzeniu działań koordynacyjnych na poziomie strategicznym, wspieraniu samorządów w zakresie prowadzonych inwestycji oraz zwiększeniu dostępu do wiedzy i innowacyjnych rozwiązań technologicznych.

NIK krytycznie ocenia także realizację przez MSWiA projektu Polskiej Biblioteki Internetowej (PBI). Miała ona zapewnić internetowy dostęp do klasyki literatury polskiej i światowej, dokumentów archiwalnych, czasopism i periodyków. Choć na ten projekt wydano łącznie 10 mln zł, to stan zasobów oraz funkcjonalność PBI znacząco odbiega od standardów oferowanych przez inne biblioteki cyfrowe. Kontrolerzy NIK wymieniają szereg mankamentów tej witryny. Brakuje udogodnień dla osób niewidzących, tylko niewielki procent publikacji jest w wysokiej rozdzielczości, jedynie część zgromadzonych plików (w formatach rtf i txt) dostępna jest dla popularnych programów czytających, nie wspominając o tym, że nie można wyszukiwać utworów według słów kluczowych lub fraz. Ponadto  technologia zastosowana przy budowie PBI uniemożliwia jej dalszy rozwój.