Konstytucyjność obu badanych przepisów była kwestionowana również z punktu widzenia zasady podziału władzy, o której mowa w art. 10 ust. 1 konstytucji. Wnioskodawcy podnosili, że upoważnienie ministra do tworzenia i znoszenia sądów oraz określania ich siedzib i obszarów właściwości jest przejawem władztwa organizacyjnego nad działalnością sądów, które w świetle art. 176 ust. 2 konstytucji winno być wykonywane jedynie w formie ustawy. W konsekwencji można mówić o ingerencji władzy wykonawczej w sferę zastrzeżoną dla władzy ustawodawczej.

Tego zarzutu Trybunał nie podzielił. Zgodnie z art. 10 ust. 1 konstytucji ustrój Rzeczypospolitej Polskiej opiera się na podziale i równowadze władzy ustawodawczej, władzy wykonawczej i władzy sądowniczej. Zasada podziału i równowagi władzy nie eliminuje jednak powiązań między poszczególnymi władzami. Odrębność i niezależność władzy sądowniczej od innych władz dotyczy wyłącznie jej istoty, którą jest sprawowanie wymiaru sprawiedliwości. Ta kwestia została obszernie wyjaśniona przez Trybunał w wyroku z 15 stycznia 2009 r., sygn. K 45/07 dotyczącym nadzoru Ministra Sprawiedliwości nad działalnością administracyjną sądów. Stąd w niniejszej sprawie Trybunał stwierdził, że kwestionowane przepisy nie naruszają zasady podziały władzy, o której mowa w art. 10 ust 1 konstytucji.

Kolejnym wzorcem powołanym przez wnioskodawców był art. 180 ust. 5 konstytucji, zgodnie z którym w razie zmiany ustroju sądów lub zmiany granic okręgów sądowych wolno sędziego przenosić do innego sądu lub w stan spoczynku z pozostawieniem mu pełnego uposażenia. Wnioskodawcy argumentowali, że tworzenie i znoszenie sądów w drodze rozporządzeń stanowi podstawę do przenoszenia sędziów do innego sądu lub w stan spoczynku, a tym samym osłabia ich niezawisłość. Tych zarzutów Trybunał nie podzielił. Na treść art. 180 konstytucji należy bowiem patrzeć w szerszej perspektywie. Z jednej strony jest to przepis, który urzeczywistnia zasadę niezależności i odrębności władzy sądowniczej, z drugiej strony - jest koniecznym warunkiem realizacji przysługującego jednostce prawa do sądu. Sprawiedliwe rozpatrzenie sprawy gwarantuje bowiem jedynie niezależny, bezstronny i niezawisły sąd, co wyraźnie zostało podkreślone w treści art. 45 ust. 1 konstytucji. Ochrona niezawisłości sędziów przez zapewnienie im nieusuwalności i nieprzenoszalności nie jest celem samym w sobie, lecz jest środkiem umożliwiającym realizację konstytucyjnie gwarantowanego prawa do sądu. Ustrojodawca wprost dopuszcza przeniesienie sędziego do innego sądu w sytuacji zmiany granic okręgów sądowych, a wymóg ustawowej podstawy dotyczy wyłącznie przeniesienia związanego ze zmianą ustroju sądów. Z tego powodu kwestionowane przepisy są zgodne z art. 176 ust. 2 w związku z art. 180 ust. 5 konstytucji.