Rzecznik we wniosku zwraca także uwagę na zastrzeżenia merytoryczne dotyczące tekstu nowelizacji.

W pierwszym rzędzie, należy wskazać, że uchylany nowelizacją art. 137 ustawy o TK stał się bezprzedmiotowy z chwilą dokonania przez Sejm RP wyboru sędziów Trybunału. Z kolei zaskarżony przez Rzecznika nowy przepis art. 137a ustawy pozwala na dokonanie powtórnego wyboru pięciu sędziów TK, którzy zostali już wybrani i nie z własnej winy nie mogą złożyć ślubowania. Art. 137a otwiera w ten sposób drogę do niedopuszczalnego konstytucyjnie zwiększenia liczby sędziów TK. Tymczasem Konstytucja stanowi, że Trybunał Konstytucyjny składa się z 15 sędziów. Co więcej, konsekwencją zastosowania tego przepisu będzie przekazanie przez Sejm swojej wyłącznej kompetencji do personalnej obsady Trybunału przez organ władzy wykonawczej, jakim jest Prezydent RP. Zdaniem Rzecznika taka regulacja narusza zatem także konstytucyjnie chronioną zasadę podziału władzy.

Zaskarżony przez Rzecznika art. 137a ustawy prowadzi także do tego, że część sędziów TK już wybranych przez Sejm zostanie w sposób trwały odsunięta od wykonywania funkcji orzeczniczych poprzez utrwalenie stanu ich zawieszenia w urzędowaniu. Rozwiązanie takie godzi w zasadę kadencyjności sędziego Trybunału, stanowiącą immanentny element składowy zasady niezawisłości sędziowskiej.

Zdaniem Rzecznika, także art. 2 nowelizacji, przewidujący wygaszenie kadencji prezesa i wiceprezesa Trybunału, narusza Konstytucję. Ponieważ jego wykładnia może prowadzić do wniosku, że łącznie z utratą stanowisk prezesowskich wygasa także kadencja sędziowska osób zajmujących te stanowiska budzi on istotne wątpliwości przede wszystkim co do zgodności z konstytucyjną zasadą poprawnej legislacji.

Rzecznik Praw Obywatelskich podkreśla także, że ustawa nowelizująca narusza także zasady określone w prawie międzynarodowym (Konwencji o ochronie praw człowieka i podstawowych wolności oraz Międzynarodowym Pakcie Praw Obywatelskich i Politycznych). RPO wskazuje na najważniejsze orzeczenia sądów międzynarodowych dotyczące odwoływania sędziów i naruszania ich niezawisłości przez organy władzy legislacyjnej i wykonawczej.