Istotą sporu dotyczącego ustroju TK są nie tyle pojedyncze przepisy niezgodne z konstytucją, ale przepisy, które - analizowane w oderwaniu od innych - w większości nie są niekonstytucyjne, natomiast traktowane łącznie nabierają takiej cechy. Mają uniemożliwić bieżącą kontrolę konstytucyjności ustaw i pozwolić Sejmowi realizować zasadę, że prawem jest to, co Sejm za prawo uznaje, niezależnie od tego, czy jego wola jest zgodna z Konstytucją RP, zaaprobowaną przez naród w referendum z 25 maja 1997 r., czy też jest z nią sprzeczna.

W uchwalonej przez Sejm nowej ustawie o TK szczególne wątpliwości konstytucyjne budzą przepisy intertemporalne - zastosowanie nowej regulacji do spraw będących w toku, nawet wtedy, gdy jest już wyznaczony termin publicznego ogłoszenia orzeczenia. Przy zastosowaniu przepisów nowej ustawy o TK ogłoszenie tych wyroków powinno zostać odroczone do czasu rozpatrzenia przez Trybunał spraw wcześniej do niego wniesionych, co jest nieracjonalne. Nowa regulacja nie powinna zaburzać toku spraw już rozpatrywanych, a tak się dzieje w tym przypadku.

„Istotą sporu o Trybunał nie są pojedyncze przepisy” - dr. hab. Jacek Zaleśny w rozmowie z Małgorzatą Kryszkiewicz, Dziennik Gazeta Prawna