Zgodnie ze zmienionym art. 28a „Postępowanie dyscyplinarne można wszcząć także na wniosek Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej lub Ministra Sprawiedliwości w ciągu 21 dni od dnia otrzymania wniosku, chyba że prezes Trybunału uzna wniosek za nieuzasadniony.” Ponadto zgodnie ze zmienionym art. 31a ust. 1 ustawy „W szczególnie rażących przypadkach Zgromadzenie Ogólne występuje do Sejmu z wnioskiem o złożenie z urzędu sędziego Trybunału.” Zgromadzenie Ogólne mogło podjąć takie działanie na wniosek Prezydenta RP lub Ministra Sprawiedliwości zgodnie ze zmienionym art. 31a ust. 2, chociaż Trybunał Konstytucyjny mógł nadal swobodnie podejmować decyzje. Ostateczną decyzję podjąłby Sejm. Zgodnie z poprzednią wersją ustawy władza wykonawcza nie była uprawniona do wszczynania postępowania dyscyplinarnego, a Sejm nie miał prawa złożenia z urzędu sędziego Trybunału Konstytucyjnego. Takie prawo miał sam Trybunał.

Komisja z zaniepokojeniem odnotowała fakt, że niektóre ze zmian zwiększyły możliwość ingerencji innych instytucji państwowych w postępowanie dyscyplinarne dotyczące sędziów Trybunału. W szczególności Prezydentowi RP lub Ministrowi Sprawiedliwości przyznano uprawnienie do wszczynania postępowania dyscyplinarnego przeciwko sędziom Trybunału Konstytucyjnego, zaś w szczególnie poważnych przypadkach Sejmowi przyznano uprawnienie do podejmowania ostatecznej decyzji o odwołaniu sędziego na wniosek Trybunału Konstytucyjnego.

Komisja uznała, że fakt, iż jakiś organ polityczny decyduje o sankcji dyscyplinarnej proponowanej przez Trybunał Konstytucyjny (a zatem może też odmówić jej nałożenia), może stanowić problem dotyczący niezależności sądów i niezawisłości sędziów, gdyż można zakładać, że Parlament (jako organ polityczny) mógłby podjąć decyzję na podstawie przesłanek politycznych. Podobnie nie było zrozumiałe, dlaczego instytucje polityczne, takie jak Prezydent RP i Minister Sprawiedliwości, powinny mieć prawo do wszczynania postępowania dyscyplinarnego. Nawet jeśli takie postępowanie wymagało zatwierdzenia przez Trybunał lub jego prezesa, to już sam fakt, że mogło być ono wszczynane przez instytucje polityczne, mogło mieć wpływ na niezależność Trybunału. Budziło to obawy co do rozdziału władz i niezależności Trybunału Konstytucyjnego, gdyż wniosek Trybunału o odwołanie sędziego mógłby zostać odrzucony przez Sejm.