Postępowanie dyscyplinarne
Ustawa przyjęta w dniu 22 lipca 2016 r. nie przewiduje ingerencji innych instytucji państwowych w postępowanie dyscyplinarne dotyczące sędziów Trybunału. Stanowi to poprawę w stosunku do ustawy przyjętej w dniu 22 grudnia 2015 r. i dlatego kwestia ta nie budzi już obaw.

Możliwość wstrzymania rozpoznania sprawy przez Prokuratora Generalnego
Artykuł 61 ust. 6 stanowi, że „Nieobecność prawidłowo zawiadomionego Prokuratora Generalnego lub jego przedstawiciela na rozprawie nie wstrzymuje rozpoznania sprawy, chyba że z przepisów ustawy wynika obowiązek uczestnictwa  w rozprawie.” Artykuł 30 ust. 5 stanowi, że „W sprawach rozpoznawanych przez Trybunał w pełnym składzie uczestniczy Prokurator Generalny lub jego zastępca.”

W praktyce połączenie art. 61 ust. 6 i art. 30 ust. 5 wydaje się umożliwiać Prokuratorowi Generalnemu, który jest również Ministrem Sprawiedliwości, odwlekanie, a nawet wstrzymanie rozpoznania niektórych spraw, w tym spraw rozpoznawanych przez Trybunał w pełnym składzie, przez podjęcie decyzji o nieuczestniczeniu w rozprawie. Pozwoliłoby to na nadmierną ingerencję w funkcjonowanie Trybunału i naruszałoby niezależność sądów i niezawisłość sędziów, a także zasadę rozdziału władz.

Odraczanie narad
Artykuł 68 ust. 5 stanowi, że „W trakcie narady w pełnym składzie co najmniej czterech sędziów może zgłosić sprzeciw wobec proponowanego rozstrzygnięcia, jeśli uzna, że zagadnienie ma szczególnie doniosły charakter ze względów ustrojowych lub ze względu na porządek publiczny i nie zgadzają się oni z kierunkiem rozstrzygnięcia.” Artykuł 68 ust. 6 stanowi, że „W przypadku złożenia sprzeciwu, o którym mowa w ust. 5, narada ulega odroczeniu o 3 miesiące, a sędziowie, którzy złożyli sprzeciw, na kolejnej naradzie zwołanej po upływie tego terminu prezentują wspólną propozycję rozstrzygnięcia.” Artykuł 68 ust. 7 przewiduje, że „Jeżeli w trakcie ponownej narady, o której mowa w ust. 6, ponownie co najmniej czterech sędziów zgłosi sprzeciw, narada ulega odroczeniu o kolejne 3 miesiące. Po upływie tego terminu przeprowadza się kolejną naradę i głosowanie.”