Odnosząc się do zarzutów dotyczących art. 32 b § 1 i 3 p.u.s.p. Trybunał wskazał, że skoro działalność administracyjna sądu jest działalnością pomocniczą i usługową wobec głównej funkcji sądu, to organy władzy sądowniczej, składające się z sędziów, jakimi są zgromadzenie ogólne sędziów apelacji i prezes sądu, powinny mieć wpływ na odwołanie dyrektora sądu. W ocenie Trybunału rozwiązania przewidziane w kwestionowanych przepisach powodują, że kontrola samorządu sędziowskiego i prezesa sądu nad należytym wykonywaniem przez dyrektora sądu powierzonych mu zadań nie jest wystarczająca, wobec pełnej swobody decyzyjnej Ministra Sprawiedliwości. W konsekwencji wskazane przepisy naruszają zasadę podziału władzy oraz niezależności i odrębności władzy sądowniczej.

Z kolei w odniesieniu do zarzutu naruszenia art. 32 c § 1 i 2 p.u.s.p. Trybunał wskazał, że kompetencje Ministra Sprawiedliwości do ustalania wynagrodzenia dyrektora sądu są zobiektywizowane na podstawie rozporządzenia, wydanego po zasięgnięciu opinii KRS. W konsekwencji nie można uznać, że kwestionowane przepisy naruszają zasadę podziału władzy. Z kolei ustalanie wynagrodzeń dyrektorów sądów, nad którymi nadzór sprawuje Minister Sprawiedliwości, nie ma wpływu na zasadę odrębności i niezależności sądów proklamowaną w art. 173 Konstytucji, ponieważ kompetencje ministra dotyczą dziedziny, na którą nie rozciąga się owa odrębność i niezależność.

Trybunał stwierdził, że rozwiązania zawarte w art. 37 g § 5 oraz art. 37 h § 2 p.u.s.p nie gwarantują władzy sądowniczej, której elementem jest prezes sądu, możliwości ochrony jej pozycji oraz nie zapewniają instrumentów zapewniających równowagę wobec wpływu władzy wykonawczej. Omawiane gwarancje proceduralne są istotne ze względu na pozycję i autorytet urzędu prezesa sądu, dla których środki nadzorcze podejmowane przez Ministra Sprawiedliwości nie są obojętne.  Tego rodzaju środki mają również znaczenie w związku z kompetencjami Ministra Sprawiedliwości do odwołania prezesa lub wiceprezesa sądu w toku kadencji ze względu na rażące niewywiązywanie się z obowiązków służbowych.