Wkrótce potem, pięciu kandydatów odrzuconych przez prezydenta złożyło skargi konstytucyjne do Sądu Konstytucyjnego. 17 marca 2015 r. Sąd Konstytucyjny rozpoznał trzy spośród pięciu skarg (dwaj pozostali kandydaci wycofali swoje skarg wkrótce po ogłoszeniu orzeczenia przez Sąd) i orzekł, że decyzja prezydenta Kiski była niezgodna z Konstytucją i naruszała prawa podstawowe skarżących. Jednocześnie nie rozstrzygnął jednoznacznie w jaki sposób prezydent powinien postąpić po wyroku, w szczególności, czy w ogóle istnieją jakieś okoliczności, które mogłyby uzasadnić odmowę mianowania sędziego. Prawnicy prezydenta nie zgodzili się z orzeczeniem i krytykowali m.in. brak obiektywizmu Sądu (w składzie orzekała jedyna sędzia powołana przez A. Kiskę spośród kandydatów nominowanych przez parlament), fakt, że został on wydany różnicą zaledwie jednego głosu, a także rzekomą rozbieżność między ustnymi motywami rozstrzygnięcia a jego pisemnym uzasadnieniem.

Wyrok Sądu Konstytucyjnego nie rozwiązał kryzysu – Prezydent w dalszym ciągu odmawiał powołania sędziów, a parlament nie godził się na nominowanie nowych kandydatów. W październiku 2015 r. Sąd Konstytucyjny odmówił rozpoznania wniosku Prezydenta o dokonanie interpretacji Konstytucji w zakresie tego, czy prezydent ma obowiązek czy tylko uprawnienie do mianowania sędziego Sądu Konstytucyjnego wskazując m.in. że wykładnię taką przedstawił w wyroku z marca.

W lutym 2016 r. prezydent Kiska stwierdził, że nie mianuje sędziów Sądu Konstytucyjnego przed nowymi wyborami parlamentarnymi, zaplanowanymi na marzec 2016 r. Swoją decyzję uzasadnił tym, że do jego konstytucyjnych obowiązków należy troska o to, by organy konstytucyjne działały w sposób prawidłowy, a w związku z tym, że obecnie wyczerpał wszystkie środki prawne, za pomocą których mógłby wywiązać się z tego obowiązku w odniesieniu do Sądu Konstytucyjnego, postanowił poszukać rozwiązania na drodze porozumienia z nowym parlamentem.