Konstytucja wprowadziła także zmiany dotyczące pozostałych organów państwa. Rząd wyposażono w domniemanie kompetencji we wszystkich sprawach, które nie należały do zakresu obowiązków pozostałych organów. Ograniczono odpowiedzialność parlamentarną Rady Ministrów, ale jednocześnie zaczęła ona odpowiadać także przed prezydentem. Sejm miał jedynie funkcję ustawodawczą i kontrolną. Ograniczono immunitet poselski. Wzrosło znaczenie Senatu, jego marszałek stał się formalnie drugą po prezydencie osobą w państwie.

Postanowienia konstytucji kwietniowej nigdy nie weszły w pełni w życie. Józef Piłsudski zmarł zanim mógłby objąć urząd prezydenta, a Ignacy Mościcki był za słaby, żeby korzystać z pełni władzy, którą dysponował. Przetasowania polityczne następujące po śmierci Marszałka wyniosły na szczyt Generalnego Inspektora Sił Zbrojnych Edwarda Rydza Śmigłego. Wyrazem tego był okólnik premiera Sławoja-Składkowskiego z 13 lipca 1936 r., który ustanowił szefa GISZ drugą osobą w państwie, co było sprzeczne z ustawą zasadniczą.

Dopiero klęska wrześniowa pokazała zalety kwietniowej konstytucji. Art. 24 upoważniający prezydenta do wyznaczenia następcy i przedłużający jego kadencję do upływu 60 dni od zawarcia pokoju pozwolił na utrzymanie ciągłości instytucjonalnej Rzeczypospolitej. Internowany w Rumunii Mościcki wyznaczył na swojego następcę Władysława Raczkiewicza, po czym 30 września ustąpił z urzędu. Nowy prezydent zawarł z opozycją tzw. umowę paryską, na mocy której zobowiązał się do konsultowania wszelkich posunięć z rządem i stronnictwami politycznymi. Premierem został gen. Władysław Sikorski, przywódca emigracji politycznej we Francji. Kompromis z Paryża pozwolił na sprawne funkcjonowanie rządu na emigracji i nawet katastrofa gibraltarska nie zmieniła tego stanu rzeczy.

Nieoczekiwanie utrzymanie konstytucji kwietniowej zaczęło być problemem po tym, jak ZSRR został zaatakowany przez III Rzeszę. Rozmowy rządu emigracyjnego z Sowietami utrudniały żądania Stalina, który domagał się przywrócenia konstytucji marcowej. Polacy od razu zrozumieli jego intencje, nawet dotychczasowi krytycy ustawy zasadniczej stanęli w jej obronie. Stanisław Stroński stwierdził: „Zwracanie się do Polski o […] zerwanie ciągłości prawnej przez porzucenie obowiązującej Konstytucji […] jest po prostu […] samobójstwem władz państwowych”. Przypominając o naruszeniu prawa podczas uchwalania konstytucji, Stalin chciał podważyć legalność władz emigracyjnych. Dlatego po wkroczeniu wojsk radzieckich na tereny polski, komuniści z PPR zaczęli odwoływać się do ustawy zasadniczej z 1921 r. Tymczasem legalne polskie władze w Londynie nadal działały w oparciu o konstytucję kwietniową. Prezydent Raczkiewicz wygłosił 29 czerwca 1945 r. orędzie do narodu, w którym ogłosił, że złoży władzę dopiero: „…w ręce następcy, powołanego przez naród w wolnych od wszelkiego przymusu i wszelkiej groźby demokratycznych wyborach”. Przysięga została spełniona niemal pół wieku później, kiedy Ryszard Kaczorowski, ostatni prezydent na obczyźnie, przekazał insygnia władzy Lechowi Wałęsie.