Jak przyznaje Andrzej Nikończyk, przewodniczący Rady Podatkowej w projekcie ustawy przewidziano również liczne zmiany dotyczące ważnej dla podatników instytucji interpretacji przepisów prawa podatkowego, stosowanej w celu ograniczenia ryzyk  podatkowych. Po pierwsze poszerza się katalog sytuacji, w których organy podatkowe będą mogły odmówić wydania interpretacji indywidualnej. Po drugie, zwiększa się zakres stosowania tzw. interpretacji ogólnych (zamiast indywidualnych). Sytuacja ta będzie niekorzystna dla podatników, albowiem interpretacje indywidualne podlegają kontroli sądowej, natomiast ogólne nie podlegają. Podatnik nie będzie miał możliwości zaskarżania niekorzystnych dla siebie interpretacji i tym samym będzie w większym stopniu uzależniony od stanowiska Ministra Finansów.

Jak podkreśla Rafał Iniewski, wiceprzewodniczący Rady Podatkowej niezwykle kontrowersyjne jest też rozszerzenie uprawnień Ministra Finansów do zmian interpretacji indywidualnych oraz  wprowadzenie możliwości ich uchylania i wygaszania, w tym także tych, które zostały wydane w następstwie wyroku sądu administracyjnego. Obecnie podatnik ma, co do zasady, gwarancję niezmiennej ochrony, która wynika z orzeczenia sądowego wydanego w sprawie interpretacji. Natomiast, jeżeli projektowane zmiany zostaną uchwalone, nawet interpretacja usankcjonowana orzeczeniem sądowym będzie mogła być uchylona lub wygaszona „w każdym czasie” przez Ministra Finansów.

Narusza to zasadę konstytucyjnego podziału władzy – decyzją administracyjną Ministra będzie można zmienić szereg wyroków niezawisłych sądów.

Konfederacja Lewiatan