Badając przygotowania do wyborów samorządowych kontrolerzy NIK oraz powołani przez Izbę biegli z Politechniki Warszawskiej i odrębnie z Polskiego Towarzystwa Informatycznego stwierdzili, że:

• Na etapie prowadzonego przetargu oraz w zawartej umowie KBW nie określiło precyzyjnie wymagań jakościowych dla informatycznego systemu do obsługi wyborów samorządowych w 2014 roku. KBW nie sformułowało też wymagań dotyczących metodyki zarządzania projektem wytwarzanego oprogramowania.
• Przetarg był prowadzony przez KBW nierzetelnie. Niemal na każdym jego etapie doszło do naruszeń przepisów Prawa zamówień publicznych, co ostatecznie miało wpływ na wynik niektórych rozstrzygnięć. Komisja przetargowa rozstrzygała w oparciu o oceny dokonywane przez pracowników KBW, którzy formułowali swoje uwagi nie dysponując precyzyjnymi i obiektywnymi kryteriami oceny ofert. Takie postępowanie zdaniem NIK stwarzało ryzyko wystąpienia korupcji.
• KBW z opóźnieniem przekazywało do PKW projekty uchwał definiujące wygląd i treść dokumentów, które miały być generowane przez system informatyczny. System informatyczny, który musiał uwzględniać uchwalone wzory dokumentów, podlegał więc ciągłym modyfikacjom.
• KBW przeprowadziło odbiór i zapłaciło za zamówione oprogramowanie do obsługi wyborów bez żadnego sprawdzenia dostarczonego produktu. W ten sposób wykonawcy zapłacono ponad 306 tys. złotych za oprogramowanie, które nie było zgodne z zamówieniem oraz z podpisaną umową. Odbierając zamówiony produkt bez uwag, KBW utrudniło sobie naliczanie kar umownych od wykonawcy.
• W związku z nieprawidłowościami przy odbiorze i zapłacie za zamówiony przez KBW produkt NIK zawiadomiła prokuraturę o uzasadnionym podejrzeniu popełnienia przestępstwa.
• W KBW nie zostały zdefiniowane warunki i procedury dopuszczenia do użytkowania systemu informatycznego wykorzystywanego w trakcie wyborów. Zabrakło w szczególności precyzyjnego określenia brzegowych warunków, których spełnienie potwierdziłoby, że system działa sprawnie i jest gotowy do użycia w komisjach wyborczych wszystkich szczebli.
• KBW dopuściło do użytkowania system informatyczny do obsługi wyborów, który posiadał istotne błędy dotyczące obsługi protokołów (ich generowania, opracowania i wydruku) terytorialnych komisji wyborczych. Analiza bezpieczeństwa kodu źródłowego systemu centralnego wykazała szereg nieprawidłowości, z których część miała charakter krytyczny. Wykryte błędy mogły prowadzić m.in. do uzyskania nieautoryzowanego dostępu do systemu i zasobów poprzez osoby nieposiadające konta w systemie. NIK nie znalazła w KBW dowodów świadczących o wykorzystaniu tej podatności, zawartej w systemie.

Najwyższa Izba Kontroli przesłała jednak informacje na temat stwierdzonych błędów w oprogramowaniu do Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego.