O skuteczności wykorzystywanych programów antyplagiatowych w znacznej mierze decyduje wykorzystywana do porównań baza danych. Tymczasem większość uczelni stosuje - dla siebie i dla innych szkół - ograniczony dostęp do zewnętrznych baz danych. Tylko trzy uniwersytety korzystały z baz zawierających prace obronione w innych szkołach, pozostałe ograniczały się do prac ze swoich studentów oraz zasobów Internetu. Skuteczność działania narzędzi informatycznych z pewnością mogłoby zwiększyć utworzenie ogólnopolskiego repozytorium prac dyplomowych.

Kluczowe znaczenie ma także sposób interpretacji wyników badania pracy. Kontrolerzy wskazują na przykłady zarówno nieuzasadnionego ignorowania wyników, jak i posługiwania się nimi w sposób bezkrytyczny, co w skrajnym przypadku doprowadziło do modyfikacji pracy dyplomowej już po jej obronie. W trzech szkołach programy wykorzystywano niewłaściwie, np. nie analizując wyników sprawdzenia prac, albo - jak to miało miejsce na Uniwersytecie Jana Kochanowskiego w Kielcach - nie dodając pozytywnie zweryfikowanych prac do bazy danych programu, co obniżało jego skuteczność w wykrywaniu zapożyczeń. Zdarzało się, że studenci na polecenie profesorów wprowadzali zmiany redakcyjne do sprawdzonych przez system prac dyplomowych tylko po to, by „oszukać” system, poprzez obniżenie współczynnika zapożyczeń.

Akceptowalny poziom zabezpieczeń każda uczelnia może ustalać indywidualnie. Może to nie tylko zaburzać rzeczywisty obraz rzetelności danej uczelni, ale także sprawia, że rezultaty badań antyplagiatowych są nieporównywalne pomiędzy uczelniami.

W czterech uczelniach inspektorzy NIK stwierdzili, że nie wykorzystywano wykupionych limitów sprawdzeń. Kwota niewykorzystanych środków przekroczyła łącznie 63,5 tys. zł.

Użyteczność programów antyplagiatowych

NIK zwraca uwagę, że przydatność systemów antyplagiatowych w warunkach uniwersyteckich jest dyskusyjna i zróżnicowana, a wielu wypadkach zależna od dziedziny wiedzy, której praca dotyczy. W szczególności wydaje się niższa w naukach ścisłych.

Kontrolerzy zwracają uwagę na niedopasowanie systemów antyplagiatowych do specyfiki prac powstających na kierunkach ścisłych, np. inżynierskich. Zastosowanie w kolejnych pracach identycznych sekwencji matematycznych, co w wielu wypadkach jest po prostu nieodzowne, np. do wykonania obliczeń projektowych, system wskazuje bowiem jako potencjalne naruszenie praw autorskich.