Spółka zaskarżyła interpretację do wojewódzkiego sądu administracyjnego, a ten uznał, że obowiązuje stanowisko spółki zaprezentowane we wniosku o interpretację, bo organ podatkowy wydał i doręczył interpretację po upływie 3 miesięcy od otrzymania wniosku. NSA uchylił zaskarżone przez organ podatkowy orzeczenie w całości i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania przez WSA w Krakowie, który postanowił zawiesić postępowanie sądowe do czasu wydania orzeczenia przez Trybunał Konstytucyjny.

Zdaniem sądu pytającego, pozbawienie możliwości kontynuowania amortyzacji prawa użytkowania nieruchomości rozpoczętej w 1996 r., której okres nie upłynął z dniem 1 stycznia 2000 r., jest sprzeczne z zasadami ochrony praw nabytych oraz ochrony interesów w toku. Podatnik pozbawiony został bowiem prawa osiągnięcia celu amortyzacji, czyli zaliczenia w koszty uzyskania przychodu całości wartości początkowej środka trwałego lub wartości niematerialnych i prawnych.

Trybunał Konstytucyjny odroczył sprawę bezterminowo; strony zostaną powiadomione o nowym terminie.
Rozprawie przewodniczył sędzia TK Stanisław Rymar, sprawozdawcą był sędzia TK Zbigniew Cieślak.