13 stycznia 2015 r. Trybunał Konstytucyjny rozpoznawał pytanie prawne Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie dotyczące podatku dochodowego od osób prawnych i możliwości amortyzacji wartości niematerialnych i prawnych.

Trybunał Konstytucyjny miał orzec w sprawie zgodności art. 1 pkt 6 w związku z art. 4 ustawy z 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych w części,  w jakiej pozbawił podatników od 1 stycznia 2000 roku możliwości amortyzacji wartości niematerialnych i prawnych, takich jak prawo użytkowania na udziale nieruchomości wprowadzonych do ewidencji środków trwałych i wartości niematerialnych i prawnych przed 1 stycznia 1999 r., z zasadą ochrony praw nabytych i zasadą ochrony interesów w toku, wyrażonymi w art. 2 konstytucji.

W 1996 r. do spółki akcyjnej wniesione zostało tytułem aportu przez gminę jako jedynego akcjonariusza prawo użytkowania w rozumieniu art. 252-265 kodeksu  cywilnego. Prawo to ustanowione zostało przez gminę na rzecz spółki na okres 20 lat na udziale wynoszącym 735/1000 części nieruchomości zabudowanej budynkiem mieszkalnym. Aport ten został wprowadzony do ewidencji wartości niematerialnych i prawnych, spółka zaczęła go amortyzować  metodą liniową według stawki 5 proc., a odpisy amortyzacyjne w całości zaliczane były do kosztów uzyskania przychodów. W 1998 r., w wyniku zmiany aktu założycielskiego spółki, zmieniła się wysokość udziału w nieruchomości, na której ustanowione zostało prawo użytkowania (na 646/1000 na okres 35 lat) oraz wartość aportu. W konsekwencji spółka dla celów amortyzacji od tego momentu przyjęła nową wartość początkową prawa użytkowania wieczystego i zmieniła roczną stawkę amortyzacji z uwagi na 35-letni okres użytkowania.

Spółka wystąpiła o interpretację podatkową, bo chciała wiedzieć, czy nabyte przez nią prawo użytkowania udziału na nieruchomości zabudowanej jest wartością niematerialną i prawną w rozumieniu przepisów podatkowych oraz czy przyjęte zasady amortyzacji są prawidłowo stosowane. W ocenie spółki, zmienione od 1 stycznia 1999 r. przepisy rozporządzenia ministra finansów w sprawie amortyzacji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych, a także aktualizacji wyceny środków trwałych, nie miały wpływu na dalszą możliwość kontynuowania amortyzacji rozpoczętej w 1996 r. Zwłaszcza, że ograniczając od 1 stycznia 1999 r. katalog praw majątkowych zaliczanych do wartości niematerialnych i prawnych, a tym samym ograniczając amortyzację takich praw, Minister Finansów przewidział przepisy przejściowe umożliwiające kontynuację amortyzacji wprowadzonych przed tą datą do ewidencji środków trwałych i wartości niematerialnych i prawnych takich praw majątkowych jak prawo użytkowania na udziale w nieruchomości. Innego zdania były jednak organy podatkowe. Uznały, że skoro obowiązujący od 1 stycznia 2000 r. nowy  art.16b ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, zawierający zamknięty katalog praw zaliczanych do wartości niematerialnych i prawnych, w którym nie wymieniono prawa użytkowania, a nowelizacja nie zawierała żadnych przepisów przejściowych umożliwiających kontynuowanie amortyzacji prawa użytkowania nabytego przed tą datą, to zastosowane przez spółkę zasady amortyzacji były nieprawidłowe.