Zasady i tryb przeprowadzania referendum określa ustawa z 14 marca 2003 r. o referendum ogólnokrajowym (Dz. U. 2015, poz. 318), która w art. 90 pkt 1 stanowi, że w przypadku przeprowadzenia referendum w tym samym dniu, w którym odbywają się wybory do Sejmu i do Senatu lub wybory Prezydenta: „głosowanie przeprowadza się w obwodach głosowania utworzonych dla właściwych wyborów i na podstawie spisów wyborców sporządzonych dla tych wyborów”. Ustawa ta nie określa innych warunków postępowania w przypadku złożonego głosowania (do Sejmu, Senatu i oddzielnie na każde z pytań referendalnych) i wykazuje wyraźne luki prawne. Generuje to problemy i wątpliwości proceduralne i organizacyjne.

W szczególności trudności stwarza zapis o korzystaniu z jednego spisu wyborców oraz koncepcja istnienia jednej komisji obwodowej dla wyborów parlamentarnych i referendum.

W przypadku wydawania kart do głosowania i kart referendalnych, wyborca może odmówić przyjęcia jednej z nich, natomiast podpis składa jeden, iż obie karty przyjął?

Poza tym publiczna odmowa przyjęcia np. karty referendalnej naraża wyborcę na ujawnienie swoich zamiarów wobec innych obecnych w lokalu wyborców i narusza tajność głosowania.

Oczywiście, ustalenie frekwencji, mającej w referendum konstytutywne znaczenie, powinno być dokonywane oddzielnie dla obu typu głosowań.

Problemem mogą być nakładające się na siebie i wzajemnie sobie przeszkadzające dwie kampanie wyborcze, przeprowadzone przez różne podmioty w obu typu głosowań; istnieje obawa zdominowania jednej problematyki nad drugą.

Różne reżimy prawne finansowania obu kampanii utrudnią późniejszą ich kontrolę. Formalna dopuszczalność przeprowadzenia wyborów parlamentarnych i głosowań referendalnych w jednym dniu, w jednym lokalu, przy jednej urnie wyborczej, przez tą samą komisje obwodową, nie jest najlepszym rozwiązaniem.