Badanie 90 postępowań kontrolnych, w wyniku których organy kontroli skarbowej wymierzyły należny podatek na kwotę 1,9 mld zł, wykazało, że rzeczywiste wpłaty podatków były znacząco niższe. Część podmiotów, których dotyczyły postępowania zakładana była na krótki okres - w celu wystawiania fikcyjnych faktur, a nie prowadzenia działalności gospodarczej. Były to podmioty podejmujące szereg oszukańczych zabiegów, niewyposażone w majątek rzeczowy, z którymi kontakt był niemożliwy już na etapie postępowania kontrolnego. Dla ustalenia stanu faktycznego konieczne było więc prowadzenie postępowań kontrolnych w kilku podmiotach.

Średni czas wszczęcia postępowania kontrolnego - od momentu pozyskania informacji wskazujących na duże ryzyko udziału podmiotu w oszustwie podatkowym - wynosił w przypadku kontroli doraźnych (57 proc. badanych spraw) 73, a planowych 189 dni. W ocenie NIK niezwykle istotne jest skrócenie czasu reakcji organów kontroli skarbowej w przypadkach podejrzeń o poważne oszustwa podatkowe. Postępowania kontrolne w takich sprawach powinny być wszczynane niezwłocznie.

Istotnym problemem było zwiększenie skuteczności zwalczania grup przestępczych, wykorzystujących mechanizmy podatkowe do wyłudzania podatku od towarów i usług, grup podejmujących fikcyjne działania, skierowane na uszczuplenie należności podatkowych. Oszustwa takie wykrywane były przeważnie z opóźnieniem, kiedy oszuści zniknęli, czasem tylko udawało się odnaleźć osoby podstawione, działające jako tzw. „słupy”. W takich sprawach organy kontroli skarbowej miały trudności  zarówno z ustaleniem sprawców oszustw, jak i z odzyskaniem uszczuplonych kwot podatku VAT.

W latach 2013-2015 na szeroką skalę występowało zjawisko wprowadzania do obiegu gospodarczego faktur dokumentujących czynności fikcyjne, stanowiące poważne zagrożenie dla dochodów budżetu państwa. Nastąpiło pogorszenie skuteczności organów podatkowych w poborze podatków. Obniżała się relacja dochodów podatkowych do PKB: przez trzy kolejne lata kształtowała się poniżej 15 proc.