Banki spółdzielcze w większości przypadków charakteryzują się stabilną sytuacją finansową. Bankowość spółdzielcza stanęła jednak w obliczu wyzwań związanych z koniecznością dostosowania się do przepisów CRD IV/CRR. Sektor ten ma w Polsce specyficzną strukturę cechującą się istotnymi powiązaniami i wzajemnymi ekspozycjami banków zrzeszających i zrzeszonych. Struktura ta nie gwarantuje spełnienia przez banki spółdzielcze wymogów CRD IV/CRR, przede wszystkim w zakresie norm płynności. Przepisy CRD IV/CRR przewidują możliwość utworzenia tzw. systemu ochrony instytucjonalnej (ang. Institutional Protection Scheme, IPS), który pozwala funkcjonować strukturom podobnym do polskiego sektora bankowości spółdzielczej w nowych wymogach regulacyjnych. Istotą IPS jest wzajemne gwarantowanie płynności i wypłacalności każdego uczestnika tego systemu. NBP postuluje jak najszybsze wprowadzenie w życie systemów ochrony instytucjonalnej. Ściślejsza integracja sektora jest również niezbędna dla ograniczenia ryzyka długookresowego związanego z obecnym modelem bankowości spółdzielczej oraz lepszego wykorzystania jej potencjału rozwojowego.

W przeciwieństwie do sektora bankowego sytuacja sektora spółdzielczych kas oszczędnościowo-kredytowych (SKOK) pozostaje trudna i wymaga wzmożonych procesów naprawczych. Skutkiem dotychczasowych działań (głównie likwidacji i przejęć) było zmniejszenie się liczby kas do 50. Część sektora wykazuje współczynniki wypłacalności na poziomie wymaganym, jednak wiele podmiotów charakteryzuje się współczynnikami poniżej regulacyjnego minimum, a wiele z nich ma ujemne kapitały. Stan depozytów zmniejsza się, a akcja kredytowa jest przez wiele podmiotów ograniczana.

SKOK nie generują bezpośrednio ryzyka systemowego: skala działalności SKOK pozostaje niewielka (ok. 1 proc. aktywów sektora bankowego), podobnie jak skala bezpośrednich powiązań pomiędzy kasami i Kasą Krajową a sektorem bankowym, a usługi finansowe świadczone przez kasy są substytutami usług oferowanych przez banki. NBP wskazuje jednak, że restrukturyzacja sektora SKOK ma pośrednio szersze konsekwencje – angażuje ona środki Bankowego Funduszu Gwarancyjnego, przez co zmniejsza się zasób środków dostępnych w razie ewentualnych problemów w ważniejszych systemowo przypadkach. Ponadto, ponieważ zasób środków BFG musi być uzupełniany, skutkuje to wyższymi wpłatami na BFG ze strony przede wszystkim banków, ograniczając możliwość powiększenia przez nie buforów kapitałowych, co może być szczególnym wyzwaniem w przypadku banków spółdzielczych.

Sytuacja niekredytowych instytucji finansowych – zakładów ubezpieczeń, funduszy emerytalnych i funduszy inwestycyjnych – jest dobra i nie stwarza ryzyka dla ciągłości świadczenia przez nie usług finansowych. Z uwagi na charakter świadczonych usług oraz tradycyjny charakter oferowanych produktów i inwestycji, instytucje te nie stwarzają zagrożenia dla stabilnego funkcjonowania całego systemu. Dodatkowo, związki między tymi instytucjami i bankami są niewielkie.