Równie stanowczo – i to już w czasach sprzed uchwalenia Konstytucji z 1997 r.[26] – Trybunał Konstytucyjny ¨chroni normę konstytucyjną fundamentalną dla władzy sądowniczej, tj. zasadę jej odrębności i niezależności, zasadę jej separacji od pozostałych władz. Również ta norma nie pozostawia ustawodawcy swobody regulacyjnej. W ubiegłorocznym wyroku w sprawie Prawa o ustroju sądów powszechnych Trybunał o tej zasadzie przypomniał ustawodawcy po raz kolejny. Po raz kolejny orzekł, że do istoty władzy sądowniczej, a tym samym do jej wyłącznej kompetencji, należy sprawowanie wymiaru sprawiedliwości, czyli orzekanie.[27]

Zasada niezawisłości odnosi się do wszystkich działań sędziego związanych z zarządzaniem procesem orzekania oraz działań podejmowanych w związku z procesem orzekania. Sędzia powinien mieć zagwarantowaną swobodę podejmowania decyzji  niezależnie od etapu postępowania, na którym jest ona podejmowana. Wystąpienie przez Ministra Sprawiedliwości z żądaniem przesłania akt sprawy w toku zaburza tok rozpoznania określonej sprawy, a ponadto może wywoływać presję na sędziego, a tym samym oddziaływać na sposób rozstrzygnięcia sprawy.

Konstytucja Rzeczypospolitej zapewnia sądom pełną samodzielność w rozpoznawaniu spraw i orzekaniu. Oznacza to m.in., że wykonywanie funkcji orzeczniczych przez sądy musi odbywać się bez jakiejkolwiek władczej ingerencji organów innych władz. Dlatego Trybunał stwierdził, że przyznanie Ministrowi Sprawiedliwości w ramach nadzoru zewnętrznego nad działalnością administracyjną sądów kompetencji do żądania przesłania akt spraw sądowych jest nieuprawnionym wkroczeniem w sferę zastrzeżoną jedynie dla sądów i narusza zasadę niezależności sądów i niezawisłości sędziów. Zewnętrzny dostęp do akt spraw sądowych, odzwierciedlających przebieg i wynik orzekania zagraża może bowiem sprawowaniu wymiaru sprawiedliwości – żądanie przesłania akt sprawy zaburza tok jej rozpoznania, może wywierać presję na sędziego i tym samym wpływać na pozasądowy sposób jej rozstrzygnięcia[28].