Krajowa Rada Sądownictwa ocenia, że brak jest powodów do unormowaniaw odrębny sposób spraw dotyczących osób zatrudnionych w Biurze Trybunału Konstytucyjnego. Obecnie obowiązujące przepisy w sposób wystarczający regulują bowiem kwestię trwałości stosunku pracy w przypadku likwidacji lub przekształcenia pracodawcy. Nie jest zatem potrzebne wprowadzenie do systemu prawnego szczególnych przepisów dotyczących pracowników Biura Trybunału Konstytucyjnego. Projektowane przepisy zakładają, że pracownicy Biura Trybunału Konstytucyjnego będą podlegać swoistej weryfikacji przeprowadzanej przez nowe kierownictwo Biura, jednak projektodawca milczy na temat kryteriów tej weryfikacji.

Należy również negatywnie ocenić odwoływanie się w uzasadnieniu projektu ustawy do instytucji stanu wyjątkowego i kompetencji przyznanych organom władzy wykonawczej w tym przypadku. Krajowa Rada Sądownictwa stanowczo podkreśla, że stany nadzwyczajne, uregulowane w przepisach rozdziału XI Konstytucji RP, są instytucjami o ściśle określonej treści normatywnej. Pod rządami obecnie obowiązującej Konstytucji nie wprowadzono stanu wyjątkowego na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej. Wszelkie regulacje związane ze stanami nadzwyczajnymi mają charakter wyjątkowy i wykorzystywanie ich jako argumentu dla uzasadnienia przepisów regulujących organizację Trybunału Konstytucyjnego budzi stanowczy sprzeciw. W demokratycznym państwie prawnym nie jest możliwe, by prawodawca określał relacje organów władzy ustawodawczej i wykonawczej z organem władzy sądowniczej na zasadach właściwych stanom nadzwyczajnym.

W ocenie Krajowej Rady Sądownictwa, opiniowany projekt narusza zasadę niezależności i odrębności Trybunału Konstytucyjnego od innych władz, a ponadto wpływa na konstytucyjny status Prezydenta RP, przyznając mu w odniesieniu do władzy sądowniczej kompetencję nieprzewidzianą w art. 194 ust. 2 Konstytucji RP.