KRS zakwestionowała art. 21 § 3, art. 22 § 1 oraz art. 31 a § 1 pkt 1, 3 i 4 p.u.s.p., które dotyczą podziału kompetencji pomiędzy prezesem sądu a dyrektorem sądu. KRS wskazała, że mimo formalnego zwierzchnictwa służbowego prezesa sądu nad dyrektorem sądu, wyłączone są sprawy związane z dysponowaniem budżetem sądu, działalność administracyjna sądu zapewnieniu odpowiednich warunków techniczno-organizacyjnych oraz majątkowych funkcjonowania sądu, a także kierowanie personelem administracyjnym (z wyjątkiem referendarzy i asystentów sędziów). Zdaniem KRS, ograniczenie w tak dalekim zakresie uprawnień prezesa sądu do kierowania podległym mu sądem na rzecz dyrektora sądu, który podlega władzy wykonawczej, narusza zasadę podziału władzy oraz odrębność i niezależność sądów.

KRS sformułowała zarzuty w odniesieniu do art. 32 b § 1 i 3 oraz art. 32 c § 1 i 2 p.u.s.p., które dotyczą relacji pomiędzy Ministrem Sprawiedliwości a dyrektorem sądu. Zdaniem KRS, art. 32 b § 1 i 3 p.u.s.p. w zakresie, w jakim przewiduje fakultatywne, a nie obligatoryjne odwołanie przez Ministra Sprawiedliwości dyrektora sądu w przypadku negatywnej oceny sprawozdania z powierzonej mu działalności sądów przez zgromadzenie ogólne sędziów apelacji, jak również wniosku przez prezesa sądu, narusza zasadę podziału władzy oraz odrębność i niezależność sądów. Ponadto KRS uważa, że art. 32 c § 1 i 2 p.u.s.p pozbawia prezesów sądów, którzy formalnie mają być zwierzchnikami dyrektorów sądów, wpływu na wynagrodzenie tych organów. Zarówno o wysokości wynagrodzenia, jak i dodatków specjalnych oraz nagród dla dyrektorów sądów i ich zastępców ma decydować wyłącznie Minister Sprawiedliwości.

KRS zakwestionowała art. 37 g § 5 oraz art. 37 h § 2, 3 i 4 p.u.s.p., które dotyczą relacji pomiędzy Ministrem Sprawiedliwości a prezesem sądu. Zdaniem KRS przyznanie Ministrowi Sprawiedliwości prawa do zwracania prezesowi lub wiceprezesowi sądu uwagi (art. 37g § 5 p.u.s.p.), nie tylko w zakresie sprawowania wewnętrznego nadzoru administracyjnego nad sądami, ale również w zakresie kierowania sądem, a także do odmowy przyjęcia informacji rocznej o działalności sądu (art. 37h § 2 – 4 p.u.s.p.), bez jednoczesnego zapewnienia prezesowi sądu możliwości zakwestionowania takiego stanowiska przed KRS, narusza zasadę podziału władzy oraz odrębność i niezależność sądów.