Trybunał wziął pod uwagę, że analogiczne regulacje prawne, przewidziane w odniesieniu do sądów powszechnych, zostały ocenione w wyroku Trybunału z 14 października 2015 r., sygn. Kp 1/15. Trybunał, uwzględniając strukturalną odrębność sądownictwa wojskowego, podkreślił, że konstytucyjne zasady niezależności sądów i niezawisłości sędziów odnoszą się  również do sądów wojskowych.

Odnosząc się do zarzutu dotyczącego przyznania Ministrowi Sprawiedliwości kompetencji w zakresie dostępu do akt spraw sądowych w związku ze sprawowaniem zewnętrznego nadzoru administracyjnego nad sądami wojskowymi, Trybunał uznał, że zakwestionowany przepis umożliwia organowi władzy wykonawczej wkroczenie w sferę kompetencyjną zastrzeżoną jedynie dla sądów. Zewnętrzny dostęp do akt sprawy sądowej oddziałuje na sprawowanie wymiaru sprawiedliwości przez sądy, bo zarówno przebieg, jak i efekt podstawowej działalności sądów polegającej na orzekaniu, znajduje swój wyraz właśnie w aktach sprawy. Konstytucja zapewnia sądom pełną samodzielność w rozpoznawaniu spraw i orzekaniu, co oznacza również konieczność zapewnienia wykonywania funkcji jurysdykcyjnych przez sądy bez jakiejkolwiek ingerencji ze strony innych władz, w tym Ministra Sprawiedliwości jako organu władzy wykonawczej. Wystąpienie przez Ministra Sprawiedliwości z żądaniem przesłania akt sprawy w toku zaburzałoby tok jej rozpoznania, a ponadto mogłoby wywoływać presję na sędziego i tym samym oddziaływać na sposób jej rozstrzygnięcia.

Trybunał uznał, że zakwestionowany przepis stanowi nadmierną ingerencję w zasadę niezależności władzy sądowniczej oraz zasadę niezawisłości sędziowskiej, a w konsekwencji zagrażać może realizacji konstytucyjnego prawa jednostki do rozpatrzenia sprawy przez niezależny, bezstronny i niezawisły sąd. Jednocześnie powierzenie Ministrowi Sprawiedliwości kompetencji żądania przesłania akt spraw sądowych, w celu weryfikacji czynności podejmowanych w ramach wewnętrznego nadzoru administracyjnego oznaczałoby także udostępnianie Ministrowi Sprawiedliwości informacji zawartych w aktach sprawy sądowej, w tym danych osobowych, również danych wrażliwych. Ustawodawca, ograniczył tym samym w sposób nieproporcjonalny prawa określone w art. 47 i art. 51 konstytucji.