Powyższe argumenty przemawiały także za stwierdzeniem niekonstytucyjności przepisu przewidującego uprawnienie Ministra Sprawiedliwości do żądania od prezesa okręgowego sądu wojskowego akt spraw sądowych prowadzonych przez sędziego przed żądaniem podjęcia czynności dyscyplinarnych wobec sędziego. Ze względu na wagę wartości, które narusza ta kompetencja, czyli niezależność władzy sądowniczej oraz niezawisłość sędziowską, Trybunał uznał, że także ta regulacja nie jest konieczna i stanowi nadmierną ingerencję w niezależność władzy sądowniczej, mogąc potencjalnie wkraczać w niezawisłość sędziowską. Jednocześnie Trybunał uznał za zasadny zarzut naruszenia konstytucyjnych standardów ochrony prywatności jednostki oraz zasad pozyskiwania przez władze publiczne informacji o jednostce, skoro przekazanie akt sprawy sądowej łączy się z gromadzeniem i przetwarzaniem danych osobowych.

Ustawodawca upoważnił również Ministra Sprawiedliwości do administrowania danymi osobowymi stron, pełnomocników i innych uczestników postępowań sądowych. Według Trybunału, zadania Ministra Sprawiedliwości określone w p.u.s.w. nie uzasadniają przyznania temu organowi możliwości władczego decydowania o celach i środkach przetwarzania danych osobowych zgromadzonych w bliżej nieokreślonych „rejestrach prowadzonych na podstawie odrębnych przepisów”. Ustawodawca, dodając do p.u.s.w. art. 64c § 3, inaczej niż w regulacjach dotyczących sądownictwa powszechnego, przyznał Ministrowi ogólne uprawnienie do administrowania danymi bez wskazania, że chodzi o dane z systemów teleinformatycznych, bez ograniczenia czasowego czy zakresowego. Dlatego też Trybunał uznał, że oceniany przepis w zakwestionowanym zakresie, nie spełnia przesłanek ograniczenia konstytucyjnego prawa do prywatności określonych w art. 31 ust. 3 konstytucji oraz przesłanki niezbędności pozyskiwania informacji o obywatelach, określonej w art. 51 ust. 2 konstytucji. Niemożność ustalenia rzeczywistego zakresu uprawnień Ministra Sprawiedliwości, budzi też wątpliwości w świetle zasady określoności przepisów prawa (art. 2 konstytucji). Ponadto zdaniem Trybunału brak związku pomiędzy dopuszczalnym zakresem przetwarzania danych osobowych a funkcjami organu, któremu kompetencję tę powierzono, uzasadnił stwierdzenie niezgodności zakwestionowanego przepisu z art. 173 w związku z art. 10 ust. 1 konstytucji.