Trybunał stwierdził, że zaskarżone przepisy w nieprawidłowy sposób wyważają proporcje między konstytucyjnie umocowaną wartością w postaci ochrony zwierząt i troski o ich dobrostan, a wolnością religii. Tym bardziej, że zakaz uboju rytualnego wzmocniony został dotkliwymi sankcjami karnymi – obejmującymi między innymi wymierzenie kary pozbawienia wolności na okres nawet dwóch lat. Tymczasem ochronie zwierząt nie przysługuje pierwszeństwo przed postanowieniami konstytucji gwarantującymi wolność religii.

Ze względu na wagę rozpatrywanego problemu, Trybunał odniósł się również do skutków wyroku. Z dniem ogłoszenia wyroku w „Dzienniku Ustaw” dozwolone będzie poddawanie zwierząt ubojowi rytualnemu w uprawnionej rzeźni na podstawie art. 4 ust. 4 rozporządzenia Rady (WE) nr 1099/2009 w sprawie ochrony zwierząt podczas ich uśmiercania. W każdym wypadku (tj. niezależnie od liczby poddawanych ubojowi zwierząt) dokonanie uboju rytualnego będzie wymagało przestrzegania – z jednej strony – licznych i szczegółowych wymagań prawa polskiego i unijnego, oraz – z drugiej strony – wymogów przewidzianych przez normy prawa religijnego właściwe dla danego wyznania. Ubój rytualny dokonany zgodnie z prawem nie będzie zagrożony sankcją karną.

Trybunał podkreślił, że przedmiotem postępowania w niniejszej sprawie była wyłącznie ocena zgodności obwarowanego sankcjami karnymi, bezwzględnego zakazu uboju rytualnego zwierząt gospodarskich w rzeźni, z konstytucyjnie i konwencyjnie gwarantowaną wolnością religii. Tym samym poza zakresem orzekania znalazły się inne kwestie związane z zagadnieniem poddanym kontroli Trybunału. Wśród nich należy wymienić przede wszystkim kwestię finalnego przeznaczenia mięsa pochodzącego z uboju rytualnego, w tym ewentualność ograniczania skali tego uboju, łącznie z eksportem. Rozstrzygnięcia w tej materii należą do władzy ustawodawczej. Albowiem ważenie wartości konstytucyjnych, w tym wolności religii i jej uzewnętrzniania oraz wolności działalności gospodarczej, ze znajdującą umocowanie w konstytucji ochroną zwierząt, jest zadaniem ustawodawcy. Ustawodawca powinien tak ważyć konkurujące wartości, aby każda z nich była skutecznie realizowana.