W toku prac parlamentarnych projekt tej ustawy przechodził jednak w interesującym nas zakresie bardzo charakterystyczną ewolucję. Na etapie prac w Komisji Sprawiedliwości i Praw Człowieka oraz w Komisji Ustawodawczej po pierwszym czytaniu projektu opozycja zgłosiła propozycję, aby prezesa TK powoływał prezydent spośród trzech — nie dwóch, jak dotychczas i we wniesionym do Sejmu projekcie — kandydatów przedstawionych przez Zgromadzenie Ogólne Sędziów TK i aby kadencja prezesa trwała trzy lata. Ponieważ komisje odrzuciły te wnioski, w sprawozdaniu zostały one na żądanie wnioskodawców przedstawione jako wnioski mniejszości.

W trakcie drugiego czytania projektu na posiedzeniu Sejmu zaszła znamienna zmiana. Opozycja podtrzymała swoje stanowisko w formie zgłoszonych poprawek, jednak ugrupowanie rządzące zgłosiło poprawkę, aby prezes Trybunału był powoływany na czteroletnią kadencję. Komisje po drugim czytaniu projektu zarekomendowały Sejmowi przyjąć poprawkę wprowadzającą czteroletnią kadencję, a poprawki opozycji odrzucić. Ewentualne wprowadzenie kadencyjności w odniesieniu do prezesa Trybunału powinno w zasadzie pociągać za sobą wprowadzenie do projektu ustawy przepisu dostosowującego, aby jasno określić, jak należy postąpić z urzędującym prezesem i jak liczyć jego kadencję. Na rozpatrywanie przez obie komisje poprawek zgłoszonych w drugim czytaniu było już jednak za późno, ponieważ etap zgłaszania poprawek minął. Na posiedzeniu Sejmu w dniu 27 maja 2015 r. Sejm przyjął poprawkę zarekomendowaną przez komisje.