W przypadku dyrektyw konieczne jest również stwierdzenie upływu terminu implementacji, a także właściwa konstelacja proceduralna. Dyrektywa może bowiem rodzić skutek bezpośredni jedynie w relacji wertykalnej (jednostka – państwo).

Problemy organów administracji

Powierzenie przez TSUE organom administracji obowiązku stosowania zasady pierwszeństwa rodzi liczne problemy praktyczne, ponieważ organy te mają w świetle orzecznictwa TSUE mniejsze uprawnienia proceduralne niż sądy krajowe. Po pierwsze, organy administracji nie mogą korzystać z procedury prejudycjalnej (art. 267 TFUE), co stanowiło istotny czynnik uzasadniający nałożenie obowiązków wynikających z zasady pierwszeństwa na sądy krajowe.

Tym samym organy te muszą zawsze samodzielnie rozstrzygać nawet najbardziej zawiłe zagadnienia prawa UE. Po drugie, TSUE różnicuje status organów sądowych i administracyjnych, nie pozwalając tym ostatnim, nawet na tymczasowo, na odmowę zastosowania aktów wtórnego prawa unijnego (sądy krajowe mają taką możliwość pod warunkiem wniesienia pytania prejudycjalnego). Po trzecie, jak pokazał wyrok C-495/03 Intermodal Transports, TSUE nie przywiązuje do wykładni prawa UE dokonanej przez organy administracji takiej wagi jak do wykładni sądowej. Wobec braku jakiegokolwiek wsparcia ze strony TSUE, organy administracji zmuszone są więc stosować prawo UE na własne ryzyko i mogą dopuszczać się przy tym nieprawidłowości. Jest to tym bardziej prawdopodobne, że oprócz niektórych organów centralnych, które w swojej pracy opierają się często na prawie UE (jak organy telekomunikacyjne czy ochrony konkurencji), obowiązek stosowania zasady skutku bezpośredniego i zasady pierwszeństwa (a zatem obowiązek weryfikacji prawa krajowego pod kątem prawa UE) dotyczy każdego organu administracji, każdej, nawet najmniejszej gminy i każdego urzędnika stosującego prawo. To zaś może powodować, że zamiast zapewniać skuteczność prawa UE, obowiązek nałożony przez TSUE będzie zagrażał jednolitej (prawidłowej) wykładni prawa UE, a przez to zasadzie pewności prawa. Istotne przeszkody dla stosowania zasady pierwszeństwa przez krajowe organy administracyjne wynikają również z krajowych porządków konstytucyjnych, ponieważ odmowa zastosowania prawa krajowego przez organy administracji może powodować napięcia w kontekście zasady podziału władz.

Praktyczne skutki w kontekście prawa polskiego

W kontekście polskiego systemu prawa stanowisko TSUE odnośnie do obowiązku stosowania zasady pierwszeństwa przez organy administracji może rodzić pewne trudności praktyczne. Po pierwsze, orzecznictwo TSUE narzuca obowiązek weryfikowania przez krajowe organy administracji podstawy rozstrzygnięcia pod kątem prawa UE, nawet jeżeli w świetle pozycji ustrojowej organy administracyjne nie powinny weryfikować prawidłowości działania ustawodawcy (krajowego lub unijnego). Po drugie, istnieją pewne wątpliwości, czy obowiązek wynikający z wyroku Ciola musiałby się w prawie polskim łączyć koniecznie ze wzruszeniem definitywnej decyzji administracyjnej w trybie nadzwyczajnym na podstawie art. 154 i 155 k.p.a. (wobec zasady trwałości decyzji administracyjnych i zasady pewności prawa). Jednak mechanizm zasady pierwszeństwa zawarty w wyroku Ciola odnosi się do niestosowalności definitywnej decyzji administracyjnej; ogranicza więc jej moc wiążącą i jej skutki prawne. O ile więc kwestia ewentualnej konieczności wzruszenia takiej decyzji może,  oczywiście, być wymagana przez prawo krajowe, to nie może ona zarazem stać na przeszkodzie skutecznemu zastosowaniu zasady pierwszeństwa w konkretnej sprawie.