Projekt zawiera propozycję wprowadzenia dla Ministra Sprawiedliwości pełnej swobody w zakresie obsady stanowisk dyrektorów sądów i wyłącza osoby zajmujące te stanowiska spod jakiejkolwiek kontroli organów sądu, przez co budzi poważne wątpliwości w zakresie zgodności z Konstytucją. Ponadto usuwa dotychczasowe wymagania w stosunku do kandydata na stanowisko dyrektora sądu, zakłada bowiem uchylenie art. 32a § 13, który w obecnym stanie prawnym stanowi podstawę do wydania rozporządzenia szczegółowo określającego „kryteria oceny kwalifikacji, wiedzy, predyspozycji oraz umiejętności kandydatów na stanowisko dyrektora sądu albo zastępcy dyrektora sądu”.
Propozycja aby dla ważności czynności prezesa sądu wywołujących skutki finansowe nie ujęte w planie finansowym sądu, konieczna była uprzednia akceptacja właściwego dyrektora sądu może wkraczać w sferę zastrzeżoną wyłącznie dla organów wymiaru sprawiedliwości. Propozycja ta obejmuje bowiem czynności wynikające z innych ustaw, w tym procesowych, które w modelu niezależnego sądownictwa nie mogą być uzależnione od decyzji podejmowanych przez dyrektora sądu.

Rada zwraca jednocześnie uwagę na to, że wprowadzenie zasady, że organami sądów jest prezes sądu, a w sądach okręgowych i apelacyjnych także kolegium sądu, doprowadzi do sytuacji w której to prezes sądu będzie stroną każdej z umów zawieranych na rzecz sądu, mimo że będzie pozbawiony samodzielności w zakresie podejmowania decyzji o tej czynności prawnej. Powyższe ujawnia wewnętrzną sprzeczność w konstrukcji przedstawionych Radzie przepisów i pogłębia wątpliwości co do możliwości nadania dalszego biegu tak sformułowanej propozycji legislacyjnej.