Jednakże zastosowanie wszelkich możliwych mechanizmów pozwalających na ograniczenie możliwości udzielenia informacji z KRK niezgodnych ze stanem faktycznym, nie wyeliminuje pewnego marginesu błędów, wynikających przede wszystkim ze zdarzających się ciągle przypadków przekazania do Rejestru przez sądy dokumentów, które zawierają nieprawidłowe dane.

Dotyczy to przede wszystkim cudzoziemców, w odniesieniu do których często stosowane są niejednolite zasady transkrypcji imion, nazwisk i innych danych osobowych, co później powoduje trudności w identyfikacji danej osoby.

Pracownicy Biura Informacyjnego KRK przygotowujący odpowiedź na zapytanie często potrafią zidentyfikować taką osobę, mimo zniekształconych danych, natomiast nie jest w stanie tego zrobić żaden program, który będzie automatycznie generował odpowiedź bez udziału człowieka.

Ponadto wskazać należy, że art. 18 § 2 k.s.h., na podstawie którego byłyby kierowane zapytania do Krajowego Rejestru Karnego, przewiduje wymóg niekaralności jedynie za określoną kategorię przestępstw. Stąd informacja z Rejestru również musiałaby obejmować wyłącznie skazania objęte tym zakresem. W związku z tym rodzi się istotny problem dotyczący osób skazanych na podstawie art. 585 k.s.h. Przepis ten, penalizujący działanie na szkodę spółki osoby biorącej udział w tworzeniu spółki handlowej lub będącej członkiem jej zarządu, rady nadzorczej lub komisji rewizyjnej albo likwidatorem, został uchylony przez art. 3 ustawy z dnia 9 czerwca 2011 r. o zmianie ustawy – Kodeks karny oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. Nr 133, poz. 767). Zakres penalizacji art. 585 k.s.h. pokrywał się częściowo z zakresem penalizacji art. 296 k.k., przewidującego odpowiedzialność karną za wyrządzenie znacznej szkody majątkowej osobie fizycznej, prawnej albo jednostce organizacyjnej nie mającej osobowości prawnej przez osobę obowiązaną na podstawie przepisu ustawy, decyzji właściwego organu lub umowy do zajmowania się sprawami majątkowymi lub działalnością gospodarczą poszkodowanego.

Wskazana powyżej ustawa zmianie ustawy – Kodeks karny oraz niektórych innych ustaw uchylająca art. 585 k.s.h. znowelizowała również art. 296 k.k., wprowadzając możliwość pociągnięcia do odpowiedzialności nie tylko za wyrządzenie znacznej szkody majątkowej, ale również za sprowadzenie bezpośredniego niebezpieczeństwa wyrządzenia takiej szkody. Na skutek wskazanej powyżej zmiany, zakresy penalizacji obu tych przepisów jeszcze bardziej się upodobniły, aczkolwiek nadal nie pokrywają się w całości.