Rosyjskie śledztwo katyńskie, podjęte w roku 1990, zostało zakończone ze wrześniu 2004 r. Nie wiemy, jak wyglądały ustalenia i konkluzje śledczych, bo kluczowe 34 tomy akt, a nawet tekst postanowienia o umorzeniu śledztwa, zostały objęte klauzulą tajności w celu ochrony „kluczowych interesów” Rosji, w tym jej bezpieczeństwa państwowego. W toku późniejszych procedur podjętych w Rosji można było usłyszeć, że los polskich jeńców i więźniów jest nieznany. Rosyjskiej prokuraturze udało się jedynie ustalić, że do wiosny 1940 r. osoby te przebywały w obozach jenieckich i więzieniach; później „zaginęły”. Te twierdzenia odbiegały od treści odpowiedzi, jakie wcześniej dostawali krewni ofiar zbrodni. Rosyjska prokuratura pisała wtedy, że dana osoba została rozstrzelana przez KKWD w 1940 roku i wskazywała, gdzie zostało pogrzebane ciało.

Trybunał był przekonywany w dwojaki sposób do tego, że może badać zarzut dotyczący braku skutecznego postępowania wyjaśniającego. Skoro rosyjscy prokuratorzy odeszli w radykalny sposób od swoich wcześniejszych konkluzji (zmiana zamordowanych w „zaginionych”), w końcówce postępowania musiało dojść do odkrycia istotnych dla sprawy − acz nieznanych (klauzula tajności) − dowodów i dokonania bardzo ważnych ustaleń (użycie „zasady proporcji”). Po drugie, zbrodnia katyńska stanowiła niepodlegającą przedawnieniu zbrodnię prawa międzynarodowego, sprzeczną z „założycielskimi wartościami” Konwencji.

W wyroku wydanym 16 kwietnia 2012 r. izba uznała stosunkiem 4 głosów do 3, że nie jest uprawniona do zbadania rosyjskiego śledztwa katyńskiego, nawet jeśli dotyczyło ono masowej zbrodni wojennej sprzecznej z „założycielskimi wartościami” Konwencji. W okresie poratyfiacyjnym zabrakło bowiem nowego, nieznanego wcześniej elementu, istotnego dla postępowania. Stanowisko to poddało krytyce troje sędziów, których zdaniem doszło do nieuprawnionego zawężenia formuły „założycielskich wartości” Konwencji (Dean Spielmann, Mark Villiger, Angelika Nußberger).

Izba uznała natomiast w swoim wyroku, że sposób potraktowania skarżących − krewnych ofiar zbrodni z 1940 r. naruszał zakaz zawarty w art. 3 Konwencji, stanowiąc akt nie tylko poniżającego, ale i nieludzkiego traktowania. Trybunał wskazał, że jest uderzony postępowaniem rosyjskich władz. Stwierdzono, że „demonstrowały one rażące, konsekwentne i bezduszne lekceważenie” (flagrant, continuous and callous disregard) obowiązków oraz „trosk oraz niepokojów” skarżących. Rosyjskie władze negowały w korespondencji ze skarżącymi niekwestionowane fakty historyczne (teza o „zaginięciu”), co porównano z zaprzeczaniem Holokaustu. Prokuratorzy podczas postępowań sądowych mówili, że gdyby „hipotetycznie” przyjąć, że Polaków zamordowano w roku 1940, istniały powody dla takiej decyzji, gdyż byli „sabotażystami i terrorystami”, szkolonymi do wrogości wobec Związku Sowieckiego.