III. Zarzuty wnioskodawców można podzielić na kilka grup.

Pierwsza grupa to  wątpliwości co do trybu uchwalenia ustawy nowelizującej i  zasad wejścia w życie tej ustawy, określonych wart. 5.

Drugą grupę zarzutów stanowią zastrzeżenia co  do poszczególnych rozwiązań przewidzianych w ustawie nowelizującej, polegających na dodaniu, uchyleniu lub modyfikacji przepisów ustawy o TK. Uwzględniając stanowiska wszystkich wnioskodawców, Trybunał Konstytucyjny przyjął, że za przedmiot orzekania w niniejszej sprawie powinny być uważane odpowiednie przepisy ustawy nowelizującej i równolegle korespondujące z nimi przepisy ustawy o TK w brzmieniu nadanym przez ustawę nowelizującą.

Trzecią grupę zarzutów tworzą wątpliwości co do przepisów przejściowych, przewidzianych w art. 2 i 3 ustawy nowelizującej.

IV. 1. Odnosząc się do sposobu procedowania Sejmu nad projektem ustawy nowelizującej, Trybunał Konstytucyjny stwierdził, że należy w tym przypadku odpowiednio zastosować standardy ustalone w wyroku z 9 grudnia 2015 r. o sygn. K 35/15. Przedmiotem tego wyroku były bowiem zarzuty proceduralne podobne do formułowanych przez wnioskodawców w niniejszej sprawie, dotyczące bardzo zbliżonego stanu faktycznego, tj. uchwalenia ustawy z dnia 19 listopada 2015 r. o zmianie ustawy o Trybunale Konstytucyjnym (dalej: nowela listopadowa). Trybunał Konstytucyjny wyznaczył ustawodawcy w tym wyroku „punkty graniczne”, których przekroczenie skutkuje nie tylko wadliwością procesu ustawodawczego, ale również jego niekonstytucyjnością. Porównując naruszenia norm proceduralnych, które miały miejsce w trakcie uchwalania noweli listopadowej i ustawy nowelizującej, Trybunał doszedł do wniosku, że stopień nasilenia tych naruszeń w odniesieniu do tej ostatniej ustawy był znacznie większy.

Po pierwsze, Sejm uchwalając ustawę nowelizującą, naruszył art. 37 ust. 2 regulaminu Sejmu, zgodnie z którym pierwsze czytanie projektu ustawy nowelizującej powinno się odbyć – tak jak w przypadku każdej ustawy regulującej ustrój i właściwość władz publicznych – na posiedzeniu Sejmu. Pierwsze czytanie projektu ustawy nowelizującej odbyło się wprawdzie na posiedzeniu Sejmu, jednakże później, na posiedzeniu sejmowej Komisji Ustawodawczej po pierwszym czytaniu oraz podczas drugiego czytania na posiedzeniu Sejmu zostały zgłoszone poprawki do projektu ustawy, znacząco wykraczające poza pierwotną jego treść. Te elementy projektu ustawy w ogóle nie zostały poddane procedurze pierwszego czytania – ani na posiedzeniu Sejmu, ani na posiedzeniu Komisji. To znaczy, że projekt ustawy nowelizującej w części dotyczącej zgłoszonych poprawek został poddany tylko dwóm czytaniom, a zatem procedura jego uchwalenia była niekonstytucyjna. Taka wadliwość procesu ustawodawczego jest nie tylko naruszeniem art. 37 ust. 2 regulaminu Sejmu, ale przede wszystkim art. 119 ust. 1 Konstytucji, zgodnie z którym Sejm rozpatruje projekty ustaw w trzech czytaniach.