Przed przystąpieniem do oceny konstytucyjności poszczególnych przepisów Trybunał nawiązał do regulacji określających ustrojową pozycję i status prawny Trybunału i jego sędziów. Kontekst normatywny rangi konstytucji wyznacza bowiem dopuszczalne ramy prawne działania ustawodawcy zwykłego, wkraczającego w sferę dotyczącą ustrojowej pozycji Trybunału, jego struktury i organizacji. Trybunał uwypuklił znaczenie art. 10 konstytucji o podziale i równowadze władz, oddziaływującej na pozycję całej władzy sądowniczej w systemie władz i ich relacji. Podkreślił znaczenie art. 173 konstytucji o sądach i trybunałach jako władzy odrębnej i niezależnej od innych władz. Oddzielenie to ma zapewnić pełną samodzielność Trybunałowi, co jest istotne zwłaszcza dlatego, że jest on jedynym organem uprawnionym do orzekania w zakresie jego kognicji. Niezależność Trybunału stwarzająca warunki do niezawisłego dokonywania kontroli konstytucyjności staje się jednocześnie zasadą, która służy bezpośrednio ochronie samej konstytucji.

Przepis art. 12 ust. 1 zdanie drugie ustawy w nowym brzmieniu wzbudził zastrzeżenia pierwszego prezesa Sądu Najwyższego, jako uzależniający prezesa TK ubiegającego się o reelekcję od organu władzy wykonawczej. Przepis ten — według tej oceny — jest dysfunkcjonalny i narusza równowagę między prezydentem a Trybunałem. Dokonując oceny zaskarżonego przepisu, TK przypomniał swoje wcześniejsze ustalenia co do odrębności organizacyjnej i funkcjonalnej Trybunału na podstawie art. 173 konstytucji, co do granic powiązań władzy sądowniczej z organami pozostałych władz na podstawie art. 10 konstytucji oraz co do związku zasady niezależności Trybunału z zasadą niezawisłości sędziów (art. 195 ust. 1 konstytucji). W zakresie tej ostatniej zasady Trybunał podkreślił, że jej zakres przedmiotowy obejmuje nie tylko orzekanie, ale „także wszelkie działania związane z zarządzaniem procesem orzekania”.