W ustawie zaproponowano również, aby Trybunał w pełnym składzie orzekał w liczbie 11 sędziów. Jest to zmiana w porównaniu z nowelizacją ustawy o Trybunale Konstytucyjnym z 28 grudnia 2015, kiedy w pełnym składzie obradowało 13 sędziów, co zostało uznane przez Trybunał Konstytucyjny za niezgodne z ustawą zasadniczą. Należy tutaj zaznaczyć, iż na gruncie ustawy z 1997 roku, pełny skład był rozumiany jako 9 sędziów, co pozwalało orzekać w sposób efektywny nawet w sytuacji kiedy kilku sędziów byłoby niedysponowanych.

Równie niebezpieczne zapisy pojawiają się w przepisach przejściowych. Zgodnie z Art. 85 Trybunał z urzędu zawiesi postępowania nie rozstrzygnięte przed wejściem w życie ustawy na okres 6 miesięcy. Konsekwencją takiego zapisu jest to, że Trybunał jeszcze długo nie będzie mógł się zajmować wnioskami, które dotyczą uchwalonych przez rządzących ustaw, naruszających prawa i wolności obywatelskie, m.in. tzw. ustawy antyterrorystycznej², ustawy inwigilacyjnej, ustawy o obrocie ziemią³, nowelizacji kodeksu postępowania karnego (pozwalającej na wykorzystanie dowodów zdobytych nielegalnie) ⁴, czy nowej ustawy o prokuraturze (łączącej funkcję Prokuratora Generalnego z funkcją Ministra Sprawiedliwości i upolityczniającą prokuraturę)⁵. Jednakże w sprawach, w których nie istnieje potrzeba dostosowywania pism procesowych do wymogów nowej ustawy, muszą one zostać rozstrzygnięte w ciągu roku od dnia wejście w życie ustawy. Takie rozróżnienie to ingerencją w tryb orzekania Trybunału, co może uniemożliwić należyte rozpoznanie sprawy. To także próba zablokowanie szybkiej kontroli konstytucyjnej przegłosowanych przez rządzących ustaw.

Poważne wątpliwości budzi także Art. 90 projektu ustawy, który wskazuje, iż mają zostać opublikowane orzeczenia wydane do 20 lipca 2016 roku, ale tylko takie które dotyczą ustaw obowiązujących. Na mocy Art. 93 projektu moc obowiązującą utraci ustawa o Trybunale Konstytucyjnym, w związku z czym wyrok z 9 marca 2016 roku nie zostanie opublikowany. Taka regulacja jest niezgodna z Konstytucją, ponieważ na mocy Art. 190 ust. 1 i 2 są one ostateczne i niezwłocznie publikowane we właściwym organie urzędowym. W związku z powyższym, nieopublikowanie wyroku K 47/15 jest niezgodne z ustawą zasadniczą i motywowane jest złą wolą partii rządzącej, dla której orzeczenie to jest niewygodne i niezgodne z ich linią polityczną.