Z drugiej strony, raport wskazuje na szereg deficytów pomniejszających rolę petycji i utrudniających wykorzystanie sporego zaufania, jakim cieszy się Komisja Petycji. Podkreśla m.in., iż wielu autorów petycji traci kontrolę nad dalszym przebiegiem działań prowadzonych w ich sprawie i nie uzyskuje od Parlamentu dostatecznie klarownej informacji zwrotnej o sposobie ich rozwiązania. Sytuacja taka nie sprzyja upowszechnieniu wśród obywateli Unii wiary w to, że korzystanie z petycji ma sens. Raport dowodzi, że ich rolę najchętniej doceniają zawodowi aktywiści (najczęściej podmioty działające na poziomie ponadlokalnym), w przypadku których złożenie petycji jest tylko elementem szerszej kampanii społecznej prowadzonej na różnych poziomach sprawowania władzy. Jedynie podjęcie takich działań upowszechniających, skierowanych do różnych grup społecznych i decydentów, z wykorzystaniem odpowiednich nakładów finansowych, daje organizatorom szanse osiągnięcia jakiegoś rezultatu w interesującej ich sprawie.

W oparciu o takie obserwacje (tutaj przedstawiono tylko ich wybraną część), raport postuluje m.in. zwiększenie przejrzystości działań Komisji Petycji oraz poprawę jej komunikacji z obywatelami i samorządami terytorialnymi. Jako niemniej istotne rozwiązanie wskazuje też potrzebę przyspieszenia procesu rozpatrywania petycji. Wywiady przeprowadzone z ich autorami pokazały, że niejednokrotnie w momencie ogłoszenia odpowiedzi na złożony przez nich wniosek, cała sprawa była już na tyle odległa, że jej rozwiązanie traciło znaczenie.

Pomimo wspomnianego w tym tekście wzrostu zainteresowania składaniem petycji w UE, poziom ich wykorzystania należy ciągle ocenić jako stosunkowo niski. W rezultacie, słabe jest też uznanie dla tego instrumentu w europejskim społeczeństwie. Sytuacja taka wskazuje na potrzebę prowadzenia dalszych, promujących zastosowanie petycji działań edukacyjnych. Warto je uwzględnić szczególnie w nowych edycjach unijnych programów, takich jak: „Europa dla Obywateli” czy „Erazmus+”. Zwiększeniu społecznego uznania dla tego mechanizmu demokracji bezpośredniej będzie służyła także postulowana wyżej poprawa poziomu transparentności w jego stosowaniu.
Biuletyn Kompas - Instytut Spraw Publicznych