W odniesieniu do postępowania w sprawach petycji ma obowiązywać zasada transparentności i jawności. W związku z tym, na stronie internetowej podmiotu rozpatrującego petycję lub urzędu go obsługującego niezwłocznie zamieszczana będzie informacja zawierająca zwięzły opis treści nadesłanej do niego petycji, jej skan, datę wpływu oraz imię i nazwisko albo nazwę podmiotu wnoszącego petycję lub podmiotu, w interesie którego petycja jest składana. Podmiot składający petycję będzie jednak mógł zastrzec, by jego dane osobowe zostały utajnione. Informacja o petycji będzie niezwłocznie aktualizowana o dane dotyczące przebiegu postępowania, w szczególności dotyczące zasięganych opinii, przewidywanego terminu oraz sposobu załatwienia petycji. Petycje powinny być rozpatrywane bez zbędnej zwłoki, nie później niż w terminie 3 miesięcy od dnia ich złożenia. W przypadku wystąpienia okoliczności niezależnych od podmiotu zobowiązanego do rozpatrzenia petycji, będzie jednak możliwe wydłużenie tego terminu – maksymalnie o 3 miesiące. Podmiot rozpatrujący petycję będzie zawiadamiać podmiot wnoszący petycję o sposobie jej załatwienia wraz z uzasadnieniem w formie pisemnej albo za pomocą środków komunikacji elektronicznej.

W projekcie przewidziano również instytucję petycji wielokrotnej: jeżeli w ciągu miesiąca od otrzymania petycji przez określony podmiot trafią do niego dalsze petycje dotyczące tej samej sprawy, podmiot ten będzie mógł zarządzić łączne rozpatrywanie petycji. Wprowadzono poza tym rozwiązanie mające „na celu zapobieżenie wielokrotnemu rozpatrywaniu tych samych spraw, spowodowanych uporczywym wnoszeniem petycji niezawierających żadnych nowych treści, lecz ponawianych z niewiedzy lub pobudek pieniackich. W takim przypadku rozpatrujący petycję będzie mógł pozostawić ją bez rozpatrzenia (o ile petycja ta nie powołuje się na nowe fakt lub dowody nie znane przedtem podmiotowi rozpatrującemu petycję), ale jednocześnie musi poinformować składającego petycję o poprzednim sposobie jej załatwienia.” Projektowana ustawa zawiera także przepisy dotyczące petycji składanych do Sejmu i Senatu. Będą one rozpatrywane przez właściwą komisję wskazaną w regulaminie tych organów.