Trybunał podkreślił, że podejście przyjęte w projekcie porozumienia polegające na utożsamieniu Unii z państwem i przypisaniu Unii roli identycznej pod każdym względem z rolą każdej innej układającej się strony nie uwzględnia właśnie specyficznego charakteru Unii. W szczególności podejście to nie bierze pod uwagę okoliczności, iż państwa członkowskie zgodziły się, że stosunki między nimi w dziedzinach, w których kompetencje zostały przeniesione z państw członkowskich na Unię, są regulowane prawem Unii z wyłączeniem wszelkiego innego prawa. Wymagając, by Unia i państwa członkowskie były uznawane za układające się strony nie tylko w ich stosunkach z układającymi się stronami, które nie są członkami Unii, lecz także w ich wzajemnych stosunkach,

EKPC wymagałaby, by każde państwo członkowskie sprawdzało, czy inne państwa członkowskie przestrzegają praw podstawowych, pomimo że prawo Unii przewiduje wzajemne zaufanie między tymi państwami członkowskimi. W tych okolicznościach przystąpienie mogłoby zachwiać równowagę, na jakiej opiera się Unia, jak również podważyć autonomię prawa Unii. Przewidywane porozumienie nie zawiera jednak żadnych postanowień w celu zapobieżenia takiemu rozwojowi wypadków.
Trybunał zwrócił uwagę, że protokół nr 16 do EKPC, podpisany w dniu 2 października 2013 r., upoważnia sądy najwyższe państw członkowskich do zwracania się do ETPC z wnioskami o wydanie opinii doradczej w zasadniczych kwestiach dotyczących wykładni lub stosowania praw i wolności zagwarantowanych w EKPC lub jej protokołach. Zważywszy, że w przypadku
przystąpienia EKPC będzie stanowić integralną część prawa Unii, mechanizm ustanowiony w tym protokole mógłby naruszać autonomię i skuteczność procedury odesłania prejudycjalnego ustanowionej w traktacie FUE, zwłaszcza gdy prawa zagwarantowane w karcie praw podstawowych odpowiadają prawom uznanym w EKPC. Nie jest bowiem wykluczone, że wniosek o wydanie opinii doradczej złożony na podstawie protokołu nr 16 przez sąd krajowy może uruchomić tak zwaną procedurę „wcześniejszego zaangażowania” Trybunału⁶, stwarzając tym samym ryzyko obejścia procedury odesłania prejudycjalnego. Trybunał orzekł w tym względzie, że projekt porozumienia nie przewiduje niczego w odniesieniu do stosunku między tymi dwoma mechanizmami.