Tekst ustawy w brzmieniu uchwalonym przez Sejm marszałek Sejmu przekazał do Senatu. W art. 12 ustawy postanowiono, że prezesa TK na czteroletnią kadencję powołuje prezydent (ust. 1) spośród dwóch kandydatów przedstawionych przez Zgromadzenie Ogólne Sędziów TK. W ustawie przekazanej Senatowi nie było — jak już wskazano — tzw. przepisu dostosowującego, dotyczącego urzędującego prezesa. Zwrócono na to też uwagę w opinii Biura Legislacyjnego Kancelarii Senatu z dnia 8 czerwca 2015 r. Na wspólnym posiedzeniu w dniu 10 czerwca 2015 r. senackich Komisji Ustawodawczej oraz Komisji Praw Człowieka, Praworządności i Petycji senator większości rządzącej zgłosił zasugerowane przez ekspertów poprawki redakcyjne i poprawki dotyczące przepisu dostosowawczego. Obecni na tym posiedzeniu sekretarz stanu z Kancelarii Prezydenta RP oraz prezes TK — poproszeni o opinię — opowiedzieli się za rezygnacją z przepisu o kadencyjności prezesa Trybunału. Stanowisko to zyskało aprobatę senatorów biorących udział w debacie i głosowaniu obu komisji. Poprawka, w której wyeliminowano kadencyjność, przyjęta została w głosowaniu także na wspólnym posiedzeniu obu komisji w dniu 12 czerwca 2015 r.

W dniu 12 czerwca 2015 r. Senat podjął uchwałę w sprawie ustawy o TK i m.in. wprowadził do tekstu ustawy poprawkę, zgodnie z którą skreślono w art. 12 ust. 1 wyrazy o „czteroletniej kadencji”. W dniu 23 czerwca 2015 r. sejmowe Komisja Ustawodawcza oraz Komisja Sprawiedliwości i Praw Człowieka rozpatrzyły poprawki Senatu. W odniesieniu do art. 12 ustawy opowiedziały się za przyjęciem poprawki i w sprawozdaniu wniosły o przyjęcie jej przez Sejm. W dniu 25 czerwca 2015 r. Sejm przyjął poprawkę Senatu, eliminując z ustawy fragment przepisu o kadencyjności funkcji prezesa TK. Ostateczne więc brzmienie art. 12 uchwalonej ustawy było zgodne z wniesionym przez prezydenta projektem ustawy, bez określania stałej — co do liczby lat — kadencji organów kierowniczych Trybunału.

6. W dniu 23 października 2015 r., a więc jeszcze w ostatnim miesiącu VII kadencji Sejmu i bezpośrednio przed wyborami do parlamentu, grupa posłów ówczesnej opozycji złożyła do TK wniosek o zbadanie zgodności z konstytucją ustawy z dnia 25 czerwca 2015 r. o Trybunale Konstytucyjnym. Wnioskodawcy zarzucali m.in. sprzeczność art. 12 ust. 2 tej ustawy z art. 2 konstytucji (zasadą demokratycznego państwa prawnego) i sprzeczność art. 12 ust. 1 i 5 ustawy z art. 144 ust. 3 pkt 21 konstytucji (zakres prerogatywy prezydenta).