Po drugie, spółka BASF wszczęła procedurę w przedmiocie zezwolenia bezpośrednio przed organami Unii, mając zamiar rozpocząć produkcję paszy na bazie tego ziemniaka. Wniosek ten przewidywał również ewentualność przypadkowego występowania śladowych ilości GMO w produktach spożywczych lub w pokarmie dla zwierząt.

Po otrzymaniu w 2005 r. pozytywnej opinii EFSA, Komisja przedłożyła propozycje zezwoleń komitetom, a następnie – wobec nieprzedstawienia przez nie opinii – Radzie, która nie wydała decyzji. Na tym etapie postępowania Komisja mogła zatem udzielić wnioskowanych zezwoleń. Jednakże wobec otrzymania w trakcie procedur zmierzających do wydania zezwolenia informacji dotyczących niespójności między różnymi opiniami naukowymi EFSA, Komisja nie udzieliła zezwoleń, lecz postanowiła ponownie zwrócić się do tego urzędu z wnioskiem o przedstawienie wyjaśnień na temat wydanych przezeń opinii. W czerwcu 2009 r. EFSA wydała skonsolidowaną opinię naukową, w której (pomimo przedstawienia mniejszościowych opinii odrębnych, w których jej wnioski nie zostały podzielone) potwierdziła, że ziemniak Amflora nie stwarza zagrożenia ani dla zdrowia ludzi, ani dla środowiska naturalnego. Po uzyskaniu tej opinii Komisja nie przedstawiła właściwym komitetom nowych projektów decyzji w przedmiocie zezwolenia, ale udzieliła dwóch wnioskowanych zezwoleń decyzjami z dnia 2 marca 2010 r⁴.

Jednakże stojąc na stanowisku, że ziemniak Amflora stwarza zagrożenie dla zdrowia ludzi i zwierząt, a także dla środowiska naturalnego, Węgry wniosły skargę o stwierdzenie nieważności wydanych przez Komisję decyzji w przedmiocie zezwolenia. Francja, Luksemburg, Austria i Polska przystąpiły do postępowania w charakterze interwenientów popierających żądania Węgier.

W wydanym dzisiaj wyroku Sąd stwierdził przede wszystkim, że przed wydaniem zaskarżonych decyzji Komisja nie przedłożyła właściwym komitetom zmienionych projektów tych decyzji, wraz ze skonsolidowaną opinią EFSA z 2009 r. oraz opiniami odrębnymi. Tymczasem, chociaż przepisy zaskarżonych decyzji są identyczne z przepisami projektów decyzji, które zostały przedłożone właściwym komitetom i Radzie pierwotnie, to nie jest tak, gdy chodzi o podstawę naukową przyjętą przez Komisję w celu wydania owych decyzji. W konsekwencji Sąd orzekł, że postanawiając zwrócić się do EFSA o wydanie skonsolidowanej opinii oraz opierając zaskarżone decyzje w szczególności na tej opinii, bez umożliwienia właściwym komitetom zajęcia stanowiska ani w przedmiocie owej opinii, ani w przedmiocie zmienionych projektów decyzji, Komisja ominęła przepisy proceduralne regulujące udzielanie zezwoleń.