Od 1971 r. do 1981 r. był członkiem PZPR. Od marca 1981 r. do wystąpienia z PZPR (8 grudnia 1981 r.) był I sekretarzem POP w IPSiR UW. Władze PZPR nie zaakceptowały jego wystąpienia w dniu 8 grudnia 1981 r., i w styczniu 1982 r. usunęły Andrzeja Rzeplińskiego z tej partii. W okresie od września 1980 r. do czerwca 1989 r. był członkiem NSZZ „Solidarność”. Od kwietnia 1995 r. do grudnia 1996 r. należał do Ruchu Stu.

W latach 1984 - 1986 członek Towarzystwa Naukowe Prawa Karnego. Od 1988 r.  do 1990 r. członek Polskiego Instytutu Kultury Chrześcijańskiej (Rzym). W latach 1992 – 2010 członek Sekcji Polskiej Międzynarodowej Komisji Prawników. Od 1994 r. do 2001 r.  członek Polskiego Towarzystwa Studiów Politycznych. W latach 1995 – 2001 członek Centrum Monitoringu Wolności Prasy przy SDP. Od 1994 r. do 2004 r. członek Komitetu Wykonawczego Międzynarodowej Federacji Helsińskiej Praw Człowieka w Wiedniu. W latach 2003 – 2008 członek Fundacji Instytutu Stosowanych Nauk Społecznych Uniwersytetu Warszawskiego.

Prace badawcze prowadzone obecnie przez Andrzeja Rzeplińskiego: (1) badania długookresowe nad losami wszystkich osób zwolnionych z polskich więzień w okresie III.1977-II.1978 po odbyciu co najmniej 5 lat kary (razem 1544 osoby) (2) badania wszystkich skazanych prawomocnie do końca 2011 roku (301) więźniów dożywotnich (kariera kryminalna, zbrodnia, kara i jej wykonywanie). W 2014 roku otrzymał na ten cel grant NCBiR, (3) kontynuuje badania do książki „Sprawcy zabójstwa sądowego gen. Augusta Emila Fieldorfa”; (4) od 2005 r. prowadzi badania do książki nad stosowaniem kary śmierci w Polsce w latach 1970-1998.

Główne obszary zainteresowań naukowych to: sądownictwo i jego historia w Polsce Ludowej; podstawowe prawa i wolności człowieka; korupcja; zbrodnie państwa; kara śmierci; kara dożywotniego pozbawienia wolności; sprawcy zabójstw; prawo policyjne; postępowanie wobec nieletnich; polityka kryminalna porównawcza.