Jedną z pierwszych takich spraw (1996 rok) była sprawa małżeństwa Mandugeqich, mongolskich uciekinierów z Chin, których ekstradycji domagały się władze ChRL pod zarzutem popełnienia przestępstwa gospodarczego. Pomijając polityczne motywy postawienia zarzutu, obojgu uciekinierom groziły tortury w czasie śledztwa oraz kara śmierci. Na władze polskie był wywierany silny nacisk dyplomatyczny na ich wydanie. Prokuratorowi Generalnemu RP nie udało się przeprowadzić procesu w tajemnicy przed opinią publiczną. Fundacja Helsińska nagłośniła sprawę w mediach i zapewniła Mandugeqim pomoc prawną znanego adwokata Wojciecha Hermelińskiego oraz przydzielenie im przez sąd pomocy tłumacza, choć nie wymagały tego ówczesne przepisy Kodeksu postępowania karnego. Przygotowaliśmy w tej sprawie opinię prawną, przedstawiając mocne dowody stosowania przez władze chińskie tortur w śledztwie oraz ignorowania prawa do rzetelnego procesu. Ostatecznie Sąd Najwyższy w postępowaniu kasacyjnym (postanowienie z 29.07.1997, sygn. II KKN 313/97) wydał opinię negatywną w sprawie wydania Mandugeqich, za podstawę prawną biorąc zakaz wydawania cudzoziemców przez RP państwom, w którym łamane są systematycznie prawa człowieka. Takiej przesłanki nie znały ówcześnie obowiązujące przepisy Kodeksu postępowania karnego. Po raz pierwszy tak wyraźnie Sąd Najwyższy orzekł wówczas, że w takiej sytuacji podstawą rozstrzygnięcia musi być wiążący Polskę traktat międzynarodowy. W tym kontekście SN orzekł w sprawie małżeństwa Mandugeqich, że

„wydanie osoby ściganej w sytuacji istnienia prawdopodobieństwa poddania jej w kraju wzywającym torturom lub nieludzkiemu albo poniżającemu karaniu, w rozumieniu art. 3 Konwencji o ochronie praw człowieka i podstawowych wolności..., jest prawnie niedopuszczalne”.

Dodatkową podstawą negatywnej opinii było uprawdopodobnione w procesie domniemanie, że w Chinach podsądni nie mieliby szans na rzetelny proces. Mieliśmy piękne zwycięstwo i ważny precedens.

Ciekawą grupą spraw precedensowych, które wyłoniły się połowie lat 90. w praktyce Fundacji są sprawy nazywane przez nas „niewinnościowymi”, to jest te, których nieprawomocne czy prawomocne skazanie budzi poważne wątpliwości co do podstaw przyjęcia winy oskarżonego. Program „Niewinność” został wyodrębniony w działaniach Fundacji w 1999 roku. O niektórych ze spraw „niewinnościowych” pisały media. W pierwszej (rozpoczętej w 1995 roku, podjętej przez Fundację w 1999 roku i wciąż niezakończonej) sprawie karnej Waldemara T., skazanego najpierw na 15 lat pozbawienia wolności i uniewinnionego w drugim procesie dzięki naszej opinii prawnej (Sąd Okręgowy w Warszawie VIIIK 408/96). Nasza opinia prawna miała wpływ na nowe podejście sędziów w Warszawie do sprawy techniki przesłuchiwania świadków incognito.