Kolejna problematyczna kwestia dotyczy zapisków i notatek. O ile w toku czynności operacyjnych dopuszczalne jest pozyskiwanie informacji od osobowych źródeł dowodowych (przypadkowych świadków, informatorów policji czy pracowników służb operacyjnych) oraz utrwalanie ich w formie notatek urzędowych lub zapisków służbowych, o tyle nie jest możliwe wykorzystanie przez prokuratora tych informacji na użytek postępowania karnego. Przepis art. 174 k.p.k. w sposób jednoznaczny zakazuje zastępować dowód z wyjaśnień oskarżonego lub z zeznań świadka treścią pism, zapisków lub notatek urzędowych. Niestety, w praktyce prokuratorskiej w szerokim zakresie do akt sądowych załączane są również notatki, w których organy zamieszczają własne informacje będące relacją naocznego świadka danego zdarzenia lub – co znacznie powszechniejsze – opisujące przebieg rozmowy informatora ze świadkiem zdarzenia (tzw. świadek ze słyszenia). Taka praktyka nie znajduje umocowania normatywnego, gdyż prokurator powinien bezpośrednio przesłuchać świadka, w formie protokołu, a następnie protokół z przesłuchania załączyć do akt sprawy.

Z punktu widzenia art. 51 ust. 1 Konstytucji należy uznać za niezgodną z przepisami także praktykę pozyskiwania informacji w toku czynności operacyjnych i późniejszego ich wykorzystania w celach innych niż postępowanie karne. Przykładowo, informacje te nie mogą zostać pozyskane na użytek postępowania cywilnego, wykroczeniowego, administracyjnego czy dyscyplinarnego.

Jak widać, wyjątkowy charakter przepisów o kontroli operacyjnej oraz zasada ultima ratio prawa karnego bardzo często stają na przeszkodzie ingerencji w prawa i wolności obywatelskie, wydawałoby się koniecznej na etapie postępowania prokuratorskiego. Jakie z kolei obowiązują granice i warunki dopuszczalności wykorzystania informacji z czynności operacyjno-rozpoznawczych w warunkach procesu karnego?