Wojna i czasy powojenne

Po wybuchu II wojny światowej, pomimo tego, że proponowano mu ewakuację, Rappaport odmówił opuszczenia ziem polskich. Już w czerwcu 1940 r. aresztowano go pod zarzutem stronniczego sądzenia w jednej ze spraw w SN, na skutek czego mieli rzekomo ucierpieć Niemcy. W konsekwencji został osadzony na Pawiaku, a następnie w więzieniu mokotowskim. Wypuszczono go stamtąd w lipcu 1941 r., ale przeżycia więzienne zrujnowały jego zdrowie.

Przez pozostałe lata okupacji w bardzo ograniczonym stopniu angażował się w działalność zawodową, biorąc udział m.in. w tajnym nauczaniu. Przede wszystkim koncentrował się na pracy dokumentacyjnej, której efektem było przygotowanie obszernych wspomnień z okresu przed 1917 r. Niestety, bezpowrotnie zaginęły one w powstaniu warszawskim.

Rappaportowi szczęśliwie udało się przetrwać II wojnę światową. W obliczu kolosalnych strat osobowych, jakie przyniosła ona polskiemu środowisku prawniczemu, jego doświadczenie było na wagę złota. Dobiegając siedemdziesiątki, po raz kolejny z wielką energią włączył się w odbudowę polskiego wymiaru sprawiedliwości. W 1945 r. znalazł się w Łodzi, gdzie podjął obowiązki sędziego SN i rozpoczął wykłady na nowo utworzonym Uniwersytecie Łódzkim. Wiosną następnego roku znalazł się w gronie sędziów Najwyższego Trybunału Narodowego powołanego specjalnie do sądzenia niemieckich zbrodniarzy wojennych.

W tym okresie Rappaport opublikował książkę „Naród – zbrodniarz”, w której dowodził, że odpowiedzialność karną za bierne pomocnictwo w zbrodniach hitlerowskich powinien ponieść każdy dorosły obywatel Niemiec – przewinienie polegało na braku sprzeciwu wobec zbrodni popełnianych w imieniu narodu niemieckiego. Był to pogląd tyleż kontrowersyjny, co odpowiadający nastrojowi chwili i spójny z propagowaną przez Rappaporta koncepcją biologicznych i psychospołecznych źródeł przestępczości. Ta ostatnia, kompleksowo przedstawiona w książce „Polityka kryminalna w zarysie”, w końcu lat 40. została przez komunistów uznana za „nieprawomyślną”. W ten sposób jednemu z głównych umysłów Komisji Kodyfikacyjnej dano do zrozumienia, że w nowej rzeczywistości politycznej jego doświadczenie nie będzie już przydatne.