Komisja „stanęła na stanowisku, że referendum nie powinno się odbywać w sprawie już rozstrzygniętej i wywołującej skutki prawne. Przeprowadzenie zatem referendum prowadziłoby do rozstrzygnięć sprzecznych z prawem, tj. zmierzałoby do zastąpienia kompetencji rady gminy przez referendum.”

W skardze, którą mieszkańcy skierowali do krakowskiego WSA, podniesiono, że uchwała odrzucająca wniosek o przeprowadzenie referendum narusza art. 170 Konstytucji RP poprzez „uniemożliwienie członkom wspólnoty samorządowej realizacji uprawnienia do decydowania w drodze referendum o sprawach dotyczących tej wspólnoty. Zdaniem skarżących, doszło również do naruszenia art. 17 ustawy o referendum lokalnym, poprzez podjęcie uchwały o odrzuceniu wniosku mieszkańców o przeprowadzenie referendum w sytuacji, gdy wniosek spełniał wymogi ustawowe oraz nie prowadził do rozstrzygnięć sprzecznych z prawem.”

WSA uznał skargę mieszkańców za zasadną. W uzasadnieniu wyroku sąd wskazał, że nie przedstawiono żadnych dowodów wskazujących, iż faktycznie doszło do naruszeń na etapie zbierania podpisów, a wymogi formalne zostały przez wnioskodawców spełnione. Sąd zauważył też, że sformułowanie pytania referendalnego i informacja o nim nie podlegają badaniu przez radę gminy na etapie oceny prawidłowości wniosku o przeprowadzenie referendum. Najistotniejsza w tej sprawie jest natomiast ocena, czy wniosek mieszkańców o przeprowadzenie referendum nie prowadził do rozstrzygnięć sprzecznych z prawem. Sąd uznał, że rada gminy „błędnie przyjęła, iż niedopuszczalne jest przeprowadzenie referendum w sprawie już rozstrzygniętej, zmierzające do uchylenia obowiązującego już aktu prawnego. W ocenie sądu za dopuszczalne uznać należy referendum o skutku abrogacyjnym, a więc przeprowadzenie takiego głosowania powszechnego, które będzie zobowiązywać właściwy organ do uchylenia podjętego uprzednio rozstrzygnięcia.” Rada gminy, nie zgadzając się ze stanowiskiem WSA, wniosła skargę do Naczelnego Sądu Administracyjnego.

NSA nie podzielił argumentacji sądu I instancji. W jego ocenie, sformułowanie pytania referendalnego było nieprawidłowe – nie zawierało ono pełnej informacji na temat sprawy poddawanej pod głosowanie i zostało niepoprawnie skonstruowane. Sąd zaznaczył też, że w kwestii dopuszczalności przeprowadzenia referendum w sprawie już uregulowanej aktem prawa miejscowego w doktrynie zaznaczają się dwa stanowiska. Zgodnie z pierwszym z nich, referendum należy traktować „jako weto ludowe, dające możliwość zablokowania wejścia w życie aktów prawa miejscowego. Poddaje się przy tym w wątpliwość możliwość uchylania aktów już obowiązujących w takiej właśnie formie, czyli uznania referendum lokalnego za referendum abrogacyjne.” Zgodnie z drugą opinią natomiast, „jeżeli przepis szczególny przekazuje jakąś sprawę do właściwości wyraźnie w nim określonego organu jednostki samorządu terytorialnego, to nie może ona zostać załatwiona przez inny organ, a tym bardziej poprzez referendum.” To stanowisko jest jednak – zdaniem NSA – zbyt daleko idące i prowadzi do nadmiernego, nieuprawnionego zawężenia zakresu przedmiotowego referendum lokalnego.