Przedmiotem analizy stała się zaś kwestia regulacji dotyczącej wygaszenia kadencji dotychczasowego prezesa i wiceprezesa Trybunału. Według Trybunału, problem konstytucyjny sprowadza się do odpowiedzi na pytanie, czy — zgodnie z regulacjami konstytucyjnymi — ustawodawca, wprowadzając kadencyjność funkcji kierowniczych w Trybunale, był uprawniony do odrębnego uregulowania sytuacji prawnej osób dotychczas piastujących te funkcje i de facto skrócenia ich okresu urzędowania ustawą, czy też wprowadzenie przez niego zasady kadencyjności mogło wywołać jedynie skutek pro futuro.

Trybunał najpierw wykazał w analizie wątpliwą zasadność deklarowanego wzorowania się projektodawców ustawy na rozwiązaniach z ustawy o Sądzie Najwyższym i konkludował, że w uzasadnieniu w zasadzie nie zaprezentowano argumentów, które legitymowałyby przyjmowane rozwiązanie. TK podzielił stanowisko, że zaskarżony przepis art. 2 ustawy stanowi nieuprawnioną ingerencję ustawodawcy w sferę władzy sądowniczej i godzi w zasadę niezależności Trybunału wobec innych władz, a w konsekwencji w zasadę podziału władz (art. 10 konstytucji). Rozwiązania dotyczące statusu organów kierowniczych Trybunału, zwłaszcza kształtowania ich kadencyjności, wiążą się bowiem ściśle z zasadą niezależności samego Trybunału. Niezależność ta to przede wszystkim organizacyjne i funkcjonalne oddzielenie Trybunału od innych władz. Zdaniem TK, kadencja organów kierowniczych ma zapewnić zwłaszcza efektywność kierowania zespołem. Wielokrotne pełnienie tych funkcji bez możliwości jej weryfikowania nawet przez Trybunał może nieść zagrożenie, ale rotacyjny sposób zarządzania pracami też ściśle wiąże się z ochroną niezależności Trybunału. Konstrukcja instytucji kadencyjności funkcji prezesa i wiceprezesa Trybunału musi więc być postrzegana również przez pryzmat art. 173 konstytucji, czyli w kontekście niezależności Trybunału od innych władz. Istotne są więc sposób i okoliczności dokonywania zmian ustawowych w tym zakresie.