Trybunał Konstytucyjny ocenił zaskarżony art. 2 ustawy także przez pryzmat standardów zasady niezawisłości sędziów (art. 45 ust. 1 konstytucji). Uznał przy tym, że specyfika kadencyjności sędziów Trybunału wymaga dodatkowych gwarancji niezawisłości, zwłaszcza gwarancji stabilizacji urzędu w okresie kadencji. Rozwiązania ustawowe kształtujące status ustrojowy prezesa i wiceprezesa Trybunału powinny mieć na względzie pojmowanie i postrzeganie niezawisłości. Wygaszanie kadencji dotychczasowego prezesa i wiceprezesa Trybunału przez ustawodawcę zasługuje na zdecydowanie negatywną ocenę w świetle znamion niezawisłości. Trybunał podkreślił, że tak rozumiana zasada niezawisłości koresponduje z międzynarodowymi standardami, wyznaczonymi przez art. 6 ust. 1 EKPC oraz przez art. 25 lit. c w zw. z art. 2 i art. 14 MPPOiP. Trybunał Konstytucyjny uznał, że zaskarżony art. 2 ustawy narusza wskazane przepisy.

11. W dniu 22 grudnia 2015 r. Sejm ponownie znowelizował ustawę o Trybunale Konstytucyjnym, m.in. w zakresie art. 12 ustawy. Uchwalone zmiany dotyczyły trybu wyboru prezesa i wiceprezesa Trybunału.

Po pierwsze, ustawodawca przesądził, że „Kandydata na stanowisko Prezesa Trybunału może zgłosić co najmniej 3 sędziów Trybunału. Sędzia Trybunału może zgłosić tylko jednego kandydata” (dodany ust. 2a). Przepis oznacza więc dopuszczalność zgłoszenia nawet pięciu kandydatur, przy niezmienionym wymogu zgłoszenia prezydentowi co najmniej trzech kandydatów.

Po drugie, dodano w art. 12 nowe ust. 3a-3c, zgodnie z którymi: a) głosowanie w sprawie wyboru kandydatów na stanowisko prezesa Trybunału nie może odbyć się wcześniej niż po upływie trzech dni od dnia zgłoszenia kandydatów; b) na karcie przygotowanej w celu wyboru kandydatów na stanowisko prezesa Trybunału nazwiska i imiona kandydatów umieszcza się w kolejności alfabetycznej; c) sędzia Trybunału może oddać głos tylko na jednego kandydata na stanowisko prezesa Trybunału. Te przepisy mają przede wszystkim charakter organizacyjny. Dotychczas w ustawie brak było szczegółowszej regulacji w tym zakresie. Ustawodawca uznał, że normy regulaminu TK należy ograniczyć sztywną regulacją ustawową, odnoszącą się w szczególności do liczby głosów. Częściowo upraszcza to obecne procedury regulaminowe.