Po uchwaleniu konstytucji, a jeszcze przed jej wejściem w życie, parlament w dniu 1 sierpnia 1997 r. uchwalił nową ustawę o TK. Ustawą ustanowiono prezesa Trybunału jako organ Trybunału (art. 12 ust. 1) i w wielu przepisach określono jego kompetencje. Zgodnie z art. 15, prezesa i wiceprezesa Trybunału powołuje prezydent „spośród dwóch kandydatów przedstawionych na każde stanowisko przez Zgromadzenie Ogólne” (ust. 1), co konkretyzowało przepis konstytucji (ograniczenie liczby kandydatów na stanowisko do dwóch). Zgodnie z art. 15 ust. 2-3 ustawy, kandydatów na stanowisko prezesa lub wiceprezesa Trybunału miało wybierać Zgromadzenie Ogólne Sędziów TK „spośród sędziów Trybunału”, którzy „w głosowaniu tajnym uzyskali kolejno największą liczbę głosów” co było dalszym dookreśleniem przepisu konstytucyjnego. Dodajmy, że z tak ustalonej kolejności kandydatur nie wynika, że prezydent ma obowiązek powołania tego z kandydatów, który uzyskał więcej głosów. Zgodnie z ustawą, wybór kandydatów powinien być dokonany nie później niż trzy miesiące przed upływem kadencji urzędującego prezesa lub wiceprezesa, a w przypadku opróżnienia stanowiska prezesa lub wiceprezesa wyboru kandydatów miano dokonywać w ciągu jednego miesiąca. Obradom Zgromadzenia Ogólnego Sędziów TK w części dotyczącej wyboru kandydatów przewodniczyć miał najstarszy wiekiem sędzia Trybunału uczestniczący w Zgromadzeniu.

Zgodnie z Konstytucją RP z 1997 r. i - zwłaszcza - z nową ustawą, dochodzi w zasadzie do prawnego oddzielenia dwóch decyzji: o wyborze na stanowisko sędziego oraz o powołaniu na stanowisko prezesa TK. Jak podnosi się w doktrynie, wydaje się to racjonalne, ponieważ można zrezygnować ze stanowiska prezesa, nie rezygnując ze stanowiska sędziego, ponadto stwarza to Trybunałowi możliwość swobodnego kształtowania swoich władz niezależnie od woli polityków. Zdania są jednak podzielone. Można bowiem przyjąć, że modelowo biorąc — w ujęciu prawnoporównawczym — prezesa może powoływać sam TK albo organ zewnętrzny (np. parlament, głowa państwa). Pierwszy model, choć łączy się z decyzją o charakterze politycznym, wzmacnia pozycję TK, wzmacniając przy tym rywalizację wewnątrz organu. Model drugi częściowo ogranicza niezależność Trybunału, pozwalając nawet na pośrednie ukierunkowanie jego działalności przez organ zewnętrzny (polityczny). Na tym tle także wyrażono pogląd, że przyjęte w Polsce rozwiązanie konstytucyjne ma charakter mieszany, w którym kumulują się wady obu modeli i niwelują ich zalety.