Procedura rozpatrywania każdej ze złożonych w powyższy sposób petycji została określona w art. 201–203 Regulaminu Parlamentu Europejskiego. Na ich podstawie kompetencje do zajmowania się nimi przyznano odpowiedniej komisji parlamentarnej. Od początku działania tego narzędzia funkcję tę pełni Komisja Petycji Parlamentu Europejskiego (powołana na mocy Traktatu z Maastricht). Wartościowym rozwiązaniem, ułatwiającym składanie petycji autorom oraz ich ocenę pracownikom Komisji, jest wykorzystanie w tym celu narzędzi teleinformatycznych. Służy temu dedykowany składaniu petycji portal utworzony przez Parlament Europejski. Pozwala on także dowiedzieć się więcej o złożonych już petycjach zainteresowanym danym zagadnieniem obywatelom Unii.

Zgłoszone powyższą drogą wnioski wpierw podlegają ocenie formalnej (muszą zawierać nazwisko, obywatelstwo i miejsce zamieszkania każdej z osób składających oraz być sporządzone w jednym z języków urzędowych UE). Tylko petycje spełniające te warunki, przekazuje się do Komisji Petycji, która najpierw decyduje o merytorycznej dopuszczalności wniosku – sprawdza, czy przedmiot petycji należy do kompetencji działalności UE. Jeśli ten test wypadnie pozytywnie, ruszają dalsze procedury prowadzone przez Komisję Petycji (ale obraduje ona tylko na kilkunastu posiedzeniach w ciągu roku).

Uprawnienia tego organu są całkiem istotne. Uznawszy zasadność zajęcia się danym tematem może skierować prośbę o rozpatrzenie zagadnienia do innych komisji parlamentarnych, Komisji Europejskiej lub innych instytucji unijnych. Do kompetencji Komisji Petycji należy też żądanie wyjaśnień od państwa członkowskiego, którego dotyczy petycja, a jeśli uzna je za niewystarczające, może też przeprowadzić wizytę śledczą w danym kraju lub regionie w celu ustalenia faktów. W rezultacie tych działań może zobowiązać państwo członkowskie do zmiany prawa lub praktyki jego stosowania, a w razie braku reakcji z jego strony, skierować sprawę przeciwko niemu do Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości, z groźbą nałożenia kary pieniężnej (więcej informacji o odpowiednich procedurach zawiera strona Parlamentu Europejskiego).

Petycje do Parlamentu Europejskiego w świetle badań ISP

Zagadnieniem petycji składanych na poziomie europejskim jako mechanizmem partycypacji obywatelskiej zajął się też Instytut Spraw Publicznych. W ramach jego programu stypendialnego powstał raport „Petycja do Parlamentu Europejskiego jako narzędzie rozwiązywania konfliktów lokalnych i regionalnych”, który podsumowuje wyniki przeprowadzonego badania dotyczącego sposobu korzystania przez Europejczyków z omawianego mechanizmu. W publikacji przedstawiono m.in. dane, pokazujące, iż liczba petycji kierowanych do Parlamentu stale się zwiększa. W 2012 roku było ich już 1986, o ponad 500 więcej niż rok wcześniej. Obywatele interweniują najczęściej w sprawie naruszania przepisów unijnych dotyczących podstawowych praw obywatelskich (wolności słowa i zrzeszania się, prawa dzieci i osób niepełnosprawnych czy sprzeciwu wobec różnych form dyskryminacji) oraz ochrony środowiska i zdrowia. Część wniosków porusza też wątek wewnątrzunijnego przepływu towarów i kapitału. Według obserwacji autorki raportu, petycje „ostatnio coraz częściej odnoszą się także do problemów społecznych związanych m.in. z mieszkalnictwem i bezrobociem”. 30–40% wniosków dotyczy zagadnień regionalnych i lokalnych.