Również przewidziane w art. 31a ust. 2 ustawy o TK przyznanie Prezydentowi i Ministrowi Sprawiedliwości uprawnienia do występowania z wnioskiem o zainicjowanie procedury usunięcia z urzędu sędziego Trybunału ingeruje w zasadę niezależności Trybunału oraz niezawisłości sędziego Trybunału. Udział organów władzy wykonawczej w którejkolwiek z faz postępowania dyscyplinarnego, jak i w ramach innej procedury dotyczącej oceny postępowania sędziego Trybunału i jego statusu, stanowi nieuzasadnioną ingerencję w sferę autonomii Trybunału Konstytucyjnego. To, że ostateczną decyzję o uznaniu wniosku za uzasadniony oraz o wszczęciu postępowania podejmuje Zgromadzenie Ogólne nie zmienia tego, że już sama możliwość wystąpienia z takim wnioskiem przez Prezydenta lub Ministra Sprawiedliwości może negatywnie wpływać na postrzeganie sędziego jako niezawisłego. Trybunał uznał ponadto, że sposób określenia w art. 31a ust. 1 ustawy o TK sytuacji uzasadniających wystąpienie do Sejmu o złożenie z urzędu sędziego Trybunału przez posłużenie się zwrotem niedookreślonym „szczególnie rażące przypadki” nie spełnia standardu precyzyjności regulacji prawnej.

Trybunał Konstytucyjny stwierdził zatem, że art. 31a i art. 36 ust. 1 pkt 4 ustawy o TK oraz wprowadzające je art. 1 pkt 7 i 8 ustawy nowelizującej, są niezgodne z zasadą określoności prawa wynikającą z art. 2, art. 78, art. 173 w związku z art. 10 ust. 1 i  art. 195 ust. 1 Konstytucji oraz nie są niezgodne z art. 180 ust. 1 i 2 Konstytucji.

XVI. Trybunał orzekł, że pozbawienie Zgromadzenia Ogólnego i Prezesa TK kompetencji do stwierdzenia wygaśnięcia mandatu sędziego i przyznanie tej kompetencji Sejmowi w art. 1 pkt 8 ustawy nowelizującej i art. 36 ust. 2 ustawy o TK jest niezgodne z art. 173 w związku z art. 10 ust. 1 oraz z art. 195 ust. 1 Konstytucji.