Trybunał stwierdził, że przyznanie Sejmowi kompetencji do złożenia z urzędu sędziego stanowi wkroczenie władzy ustawodawczej w sferę objętą samodzielnością Trybunału w dziedzinie jego podstawowych funkcji związanych z rozpoznawaniem spraw i orzekaniem. Sejm jako organ władzy ustawodawczej może oddziaływać na organy władzy sądowniczej, w tym Trybunał Konstytucyjny, jedynie w granicach nienaruszających odrębności władzy sądowniczej, przede wszystkim w sytuacjach określonych w Konstytucji. Jedynym przepisem Konstytucji przyznającym Sejmowi kompetencję wobec sędziów Trybunału jest art. 194 ust. 1, który stanowi, że Sejm wybiera sędziów Trybunału. Z przepisu tego nie wynika przyznanie Sejmowi żadnych dalszych kompetencji odnoszących się do statusu sędziego, a zwłaszcza takich, które wiązałyby się z zakończeniem pełnienia funkcji przez sędziego przed upływem kadencji. Rola Sejmu została ustrojowo ograniczona do wyboru sędziów Trybunału. Po dokonaniu wyboru sędziego Sejm definitywnie traci wpływ na status sędziego Trybunału. Przyznanie tak daleko idącej kompetencji organowi władzy ustawodawczej ingeruje w niezawisłość sędziego Trybunału, a zwłaszcza w ten jej aspekt, którym jest niezależność od organów (instytucji) pozasądowych oraz od czynników politycznych.

Trybunał zauważył, że ustawa nowelizująca, która uchyliła art. 31 ust. 3 ustawy o TK, w istotny sposób zmodyfikowała odpowiedzialność dyscyplinarną sędziów Trybunału przez wyeliminowanie najsurowszej kary dyscyplinarnej wymierzanej przez Trybunał. Po uchwaleniu kwestionowanego przepisu, katalog kar, które można orzec w postępowaniu dyscyplinarnym, został ograniczony do kary upomnienia oraz nagany. Uchylenie przepisu przewidującego karę dyscyplinarną złożenia z urzędu sędziego oznacza, że w stanie prawnym po uchwaleniu ustawy nowelizującej Trybunał nie ma możliwości podjęcia decyzji o usunięciu ze swojego grona osoby, która postępuje w sposób niegodny urzędu sędziego, nieetyczny czy też sprzeczny z przepisami prawa. W uzasadnionych sytuacjach konieczne jest orzeczenie kary złożenia sędziego z urzędu w celu pozbawienia urzędu sędziego osoby, która nie spełnia wymagań niezbędnych do sprawowania funkcji sędziowskich. Kara dyscyplinarna złożenia sędziego Trybunału z urzędu stanowi zatem jedną z prawnych gwarancji niezależności Trybunału Konstytucyjnego. Trybunał orzekł, że art. 1 pkt 6 ustawy nowelizującej, uchylający art. 31 pkt 3 ustawy o TK, jest niezgodny z art. 173 w związku z art. 10 ust. 1 Konstytucji.