W 1994 r. dodano zapisy pozwalające odwołać członków KRRiT, jeśli nie są w stanie wykonywać obowiązków z powodu choroby lub w wyniku skazania za przestępstwo. Uniemożliwiono także łączenie funkcji członka KRRiT z jakąkolwiek pracą zarobkową inną niż akademicka lub twórcza. Jednocześnie Sejm wzmocnił Radę, przekazując jej wybór przewodniczącego do tej pory wyznaczanego przez prezydenta.

Spór wokół KRRiT zaostrzył się w IV kadencji Sejmu (2001–2005), w trakcie rządów SLD-PSL. Była to jedna z konsekwencji tzw. afery Rywina. Znany producent filmowy Lew Rywin (m.in. „Europa, Europa”, „Pan Tadeusz”, „Pianista”) zaoferował spółce Agora SA załatwienie korzystnej nowelizacji ustawy medialnej w zamian za 17,5 mln dol. łapówki.

Ówczesne kluby opozycyjne – PiS i PO – składały projekty ustaw, w których proponowały zmiany w składzie i kompetencjach Rady. Głównym zarzutem obu klubów wobec Rady było jej nadmierne upolitycznienie. W obu projektach znalazły się propozycje odwołania całej Rady po wejściu w życie ustawy. Takie rozwiązanie zawieszało zasadę rotacyjnej wymiany członków zapisaną w pierwotnej ustawie z 1992 r. PiS dążył do zmniejszenia składu KRRiT, PO proponowała, by Rada powoływała członków zarządów spółek mediowych na drodze jawnych konkursów, a wybór rad nadzorczych chciała przekazać ministrowi skarbu. Oba kluby proponowały, aby kandydatów na członków KRRiT wysuwały stowarzyszenia twórcze i dziennikarskie. Ich projektów nie poparła jednak ówczesna większość sejmowa.

Spór o media między PiS a PO

Po wygranych wyborach 2005 r. PiS mógł zrealizować swoją koncepcję. Posłowie w listopadzie złożyli projekt, który zredukował liczbę członków KRRiT z dziewięciu do pięciu. W związku z pominięciem procesu konsultacji społecznych, niewymaganych w przypadku propozycji poselskich, ustawa została uchwalona jeszcze w grudniu. Zadanie powoływania przewodniczącego Rady przywrócono prezydentowi, którym był wówczas Lech Kaczyński. W następnym roku Kaczyński złożył jednak – na podstawie wyroku Trybunału Konstytucyjnego – projekt cofający uprawnienia prezydenta w tym zakresie. Wybór prezesa KRRiT ponownie należy do członków Rady.