Doniosłego zagadnienia dotyczył też tzw. wyrok quasi-pilotażowy wydany w sprawie Kauczor przeciwko Polsce. Trybunał pokusił się w nim o zidentyfikowanie kolejnego problemu systemowego, tym razem związanego z nieprawidłową praktyką zbyt długiego stosowania tymczasowego aresztowania – nieuzasadnionego w sposób dostateczny przez istotne i wystarczające do tego przyczyny czy też stosowanego w postępowaniach prowadzonych w sposób opieszały.

Szereg razy Trybunał wypowiadał się też w budzącej liczne emocje kwestii rozliczeń z komunistyczną przeszłością – w kontekście prowadzonych postępowań lustracyjnych oraz prawa do rzetelnego procesu. Wskazywał przy tym w szczególności na konieczność zapewnienia zasady równości broni stronom takiego postępowania. Problem ten po raz pierwszy pojawił się w wyroku w sprawie Matyjek przeciwko Polsce.

Ze względu na ważkie kwestie światopoglądowe, przedmiotem szczególnego zainteresowania opinii publicznej w Polsce stały się wyroki w sprawach: Grzelak przeciwko Polsce (problem braku oceny z religii/etyki na świadectwie szkolnym w konsekwencji problemu z organizacją zajęć z etyki), Bączkowski i inni przeciwko Polsce (odmowa wyrażenia przez Prezydenta Warszawy zgody na zgromadzenie, którego celem było zwrócenie uwagi na konieczność respektowania praw mniejszości, w tym mniejszości seksualnych, oraz na brak możliwości skutecznego zakwestionowania tego typu decyzji przez planowanym terminem zgromadzenia). Podobne emocje wzbudziły rozstrzygnięcia Trybunału dotyczące życia prokreacyjnego – czy to w zakresie braku środka odwoławczego od orzeczenia lekarskiego wskazującego na brak podstaw do legalnej aborcji (Tysiąc przeciwko Polsce, naruszenie prawa do życia rodzinnego), czy to ostępu do badań prenatalnych, których wynik miał stanowić podstawę podjęcia świadomej decyzji co do poddania się zabiegowi legalnej aborcji (R.R. przeciwko Polsce, nieludzkie traktowanie oraz naruszenie prawa do życia rodzinnego).