Wskutek międzynarodowych nacisków rząd zdecydował się wnieść w 2005 r. po­prawki do obowiązującej konstytucji. Zmieniono system wyboru prezydenta, odcho­dząc od zatwierdzenia przez społeczeństwo kandydatury wystawionej przez Zgroma­dzenie Ludowe w plebiscycie na rzecz wyborów bezpośrednich. Zmiany dotyczyły także przedstawiania kandydatów na urząd prezydenta. Wcześniej wniosek w sprawie nominacji kandydata mogła złożyć grupa deputowanych stanowiąca co najmniej 1/3 składu Zgromadzenia Ludowego. Do jego zatwierdzenia wymagana była kwalifi­kowana większość 2/3 głosów. Po zmianach kandydat na prezydenta musiał uzyskać poparcie co najmniej 250 osób spośród członków parlamentu i lokalnych rad naro­dowych (w tym przynajmniej 65 posłów ze Zgromadzenia Ludowego, 25 deputowa­nych z Shury oraz 10 lokalnych rad narodowych w minimum 14 guberniach). Oznacza to, że poprawka, która miała na celu rzekome zwiększenie liczby kandydatów i zróżnicowanie wyborów, praktycznie uniemożliwiła start w wyborach kandydatom niezależnym, dla których uzyskanie poparcia obwarowanego takimi ograniczeniami było nieosiągalne.

Najobszerniejsza była ostatnia nowelizacja konstytucji (2007 r.), która objęła aż 34 artykuły. W znowelizowanej konstytucji zrezygnowano z charakterystycznej dla socjalizmu retoryki i nazwano Egipt „państwem demokratycznym, opartym na poczu­ciu obywatelskim” (art. 1), a nie „państwem demokracji socjalistycznej, opartym na sojuszu sił ludu pracującego” (art. 1 konstytucji z 1971 r.).

W kolejnych przepisach poszerzono uprawnienia parlamentu wobec prezydenta Republiki. Wprowadzono poprawki do art. 74, zgodnie z którymi w przypadku ko­nieczności podjęcia pilnych środków zapobiegających niebezpieczeństwu grożącemu państwu narzucono wymóg przeprowadzenia wspólnych konsultacji przez prezydenta, premiera, przewodniczących Zgromadzenia Ludowego i Rady Konsultacyjnej. Dodatkowo w trakcie wykonywania przez prezydenta tych nadzwyczajnych środków ani Zgromadzenie Ludowe, ani Rada nie mogły zostać rozwiązane. Wzmocniono rolę Zgromadzenia względem premiera, rządu i prezydenta (art. 127 i 133). W przypadku nieudzielenia premierowi wotum zaufania prezydent mógł przyjąć dymisję rządu albo zwrócić wniosek do Zgromadzenia. Ponowne przegłosowanie wotum nieufności ozna­czało konieczność zdymisjonowania rządu przez prezydenta, bez oddawania sprawy pod referendum, jak było wcześniej. Oznaczało to niemożliwość rozwiązania Zgro­madzenia Ludowego z powodu nieudzielenia wotum zaufania rządowi, co było do­puszczalne na mocy poprzednich przepisów. Jednocześnie jednak poszerzono upraw­nienia prezydenta wobec Zgromadzenia Ludowego, likwidując przepis o konieczności przeprowadzenia referendum w przypadku rozwiązania Zgromadzenia przez prezy­denta na mocy art. 136. Pozostawiono też sformułowanie o konieczności takiego roz­wiązania, bez sprecyzowania, czym taka konieczność jest. Dało to prezydentowi pre­rogatywy do działania na podstawie przepisów prawa, ale w sposób jawnie naruszający podstawy ustroju demokratycznego.